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公開番号2025118715
公報種別公開特許公報(A)
公開日2025-08-13
出願番号2025073876,2022513923
出願日2025-04-28,2020-09-02
発明の名称心血管リスク/イベントの予測及びその使用
出願人ソマロジックオペレーティングカンパニーインコーポレイテッド
代理人弁理士法人三枝国際特許事務所
主分類G01N 33/68 20060101AFI20250805BHJP(測定;試験)
要約【課題】単一の血液、尿、または他の試料及び1回のアッセイのみを必要とする改善された試験が最適であり、5年の期間内の心血管イベントの予測を可能にするバイオマーカー、方法、装置、試薬、システム、及びキットの必要性が存在する。
【解決手段】4年間にわたる一次または二次心血管(CV)イベントを発症するリスクを予測するために、個体を評価するために使用されるバイオマーカー、方法、装置、試薬、システム、及びキットが提供される。
【選択図】図1
特許請求の範囲【請求項１】
対象を心血管（ＣＶ）イベントのリスクについてスクリーニングするための方法であって、
（ａ）Ｎ末端プロＢＮＰ、ｓＴＲＥＭ－１、ＭＭＰ－１２、アンチトロンビンＩＩＩ、ＧＰＲ５６、ゲルゾリン、ＳＴ４Ｓ６、ＣＨＳＴＣ、ＦＳＨ、ＩＬ－１ｓＲＩＩ、ＰＬＸＢ２、ＳＡＰ、及びＴＦＰＩから選択されるＮ種のタンパク質バイオマーカーを含むバイオマーカーパネルを形成することであって、Ｎが３～１３の整数である、前記形成することと、
（ｂ）前記パネルの前記Ｎ種のバイオマーカーの各々の前記対象由来の試料におけるレベルを検出することと、を含む、前記方法。
続きを表示（約 1,700 文字）【請求項２】
対象を心血管（ＣＶ）イベントのリスクについてスクリーニングするための方法であって、
（ａ）ＢＮＰ、ｓＴＲＥＭ－１、ＭＭＰ－１２、ＳＶＥＰ１、ＡＲＬ１１、ＡＮＴＲ２、ＣＡ１２５、ＧＯＬＭ１、ＰＰＲ１Ａ、ＥＲＢＢ３、ｓｕＰＡＲ、ＧＤＦ－１１／８、ＪＡＭ－Ｂ、ＡＴＳ１３、スポンジン－１、ＮＣＡＭ－１２０、ＴＦＦ３、ＳＩＲＴ２、ＡＮＰ、ＮＥＬＬ１、ＬＲＰ１１、ＮＤＳＴ１、ＰＴＰＲＪ、ＣＩＬＰ２、ＣＡ２Ｄ３、ＩＴＩ重鎖Ｈ２、及びＩＧＤＣ４から選択されるＮ種のタンパク質バイオマーカーを含むバイオマーカーパネルを形成することであって、Ｎが８～２７の整数である、前記形成することと、
（ｂ）前記パネルの前記Ｎ種のバイオマーカーの各々の前記対象由来の試料におけるレベルを検出することと、を含む、前記方法。
【請求項３】
対象がＣＶイベントを起こす可能性を予測するための方法であって、
（ａ）ＢＮＰ、ｓＴＲＥＭ－１、ＭＭＰ－１２、アンチトロンビンＩＩＩ、ＧＰＲ５６、ゲルゾリン、ＳＴ４Ｓ６、ＣＨＳＴＣ、ＦＳＨ、ＩＬ－１ｓＲＩＩ、ＰＬＸＢ２、ＳＡＰ、及びＴＦＰＩから選択されるＮ種のタンパク質バイオマーカーを含むバイオマーカーパネルを形成することであって、Ｎが３～１３の整数である、前記形成することと、
（ｂ）前記パネルの前記Ｎ種のバイオマーカーの各々の前記対象由来の試料におけるレベルを検出することと、を含む、前記方法。
【請求項４】
対象がＣＶイベントを起こす可能性を予測するための方法であって、
（ａ）ＢＮＰ、ｓＴＲＥＭ－１、ＭＭＰ－１２、ＳＶＥＰ１、ＡＲＬ１１、ＡＮＴＲ２、ＣＡ１２５、ＧＯＬＭ１、ＰＰＲ１Ａ、ＥＲＢＢ３、ｓｕＰＡＲ、ＧＤＦ－１１／８、ＪＡＭ－Ｂ、ＡＴＳ１３、スポンジン－１、ＮＣＡＭ－１２０、ＴＦＦ３、ＳＩＲＴ２、ＡＮＰ、ＮＥＬＬ１、ＬＲＰ１１、ＮＤＳＴ１、ＰＴＰＲＪ、ＣＩＬＰ２、ＣＡ２Ｄ３、ＩＴＩ重鎖Ｈ２、及びＩＧＤＣ４から選択されるＮ種のタンパク質バイオマーカーを含むバイオマーカーパネルを形成することであって、Ｎが８～２７の整数である、前記形成することと、
（ｂ）前記パネルの前記Ｎ種のバイオマーカーの各々の前記対象由来の試料におけるレベルを検出することと、を含む、前記方法。
【請求項５】
Ｎが、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、または１３である、請求項１または３に記載の方法。
【請求項６】
Ｎが、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも
２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、または２７である、請求項２または４に記載の方法。
【請求項７】
１組のバイオマーカーのうちの少なくとも５種、少なくとも６種、少なくとも７種、少なくとも８種、少なくとも９種、少なくとも１０種、少なくとも１１種、少なくとも１２種、または少なくとも１３種のバイオマーカーのレベルの各々が、それぞれのバイオマーカーの対照レベルと比較して異常である場合、４年以内に前記対象がＣＶイベントを起こすリスクまたは可能性が高い、請求項１～６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
前記ＣＶイベントが、心筋梗塞、脳卒中、一過性脳虚血発作、心不全による入院、または死亡である、請求項１～７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
前記対象が冠状動脈疾患を有する、請求項２、４、または６～８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
前記対象がＣＶイベントの病歴を有さない、請求項１、３、５、７、または８のいずれか１項に記載の方法。
（【請求項１１】以降は省略されています）
発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、２０１９年９月３日に出願の米国仮出願第６２／８９５，３８３号の優先権の利益を主張し、これは、あらゆる目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる。
続きを表示（約 4,400 文字）【０００２】
本出願は、一般に、バイオマーカーの検出及び個体における将来の心血管イベントのリスクを評価する方法、ならびにより具体的には、４年間にわたる一次または二次心血管（ＣＶ）イベントを発症するリスクの予測について個体を評価するために使用される１つ以上のバイオマーカー、方法、装置、試薬、システム、及びキットに関する。かかるイベントとしては、限定されるものではないが、心筋梗塞、脳卒中、一過性脳虚血発作、心不全による入院、及び死亡が挙げられる。
【背景技術】
【０００３】
米国における主な死亡原因は、心血管疾患である。一次イベント（Ｄ’Ａｇｏｓｔｉｎｏ，Ｒｅｔａｌ．，“ＧｅｎｅｒａｌＣａｒｄｉｏｖａｓｃｕｌａｒＲｉｓｋＰｒｏｆｉｌｅｆｏｒＵｓｅｉｎＰｒｉｍａｒｙＣａｒｅ：ＴｈｅＦｒａｍｉｎｇｈａｍＨｅａｒｔＳｔｕｄｙ” Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｏｎ１１７：７４３－５３（２００８）；及びＲｉｄｋｅｒ，Ｐ．ｅｔａｌ．，“Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ
ａｎｄＶａｌｉｄａｔｉｏｎｏｆＩｍｐｒｏｖｅｄＡｌｇｏｒｉｔｈｍｓｆｏｒｔｈｅＡｓｓｅｓｓｍｅｎｔｏｆＧｌｏｂａｌＣａｒｄｉｏｖａｓｃｕｌａｒＲｉｓｋｉｎＷｏｍｅｎ” ＪＡＭＡ２９７（６）：６１１－６１９（２００７））及び二次イベント（Ｓｈｌｉｐａｋ，Ｍ．ｅｔａｌ．“Ｂｉｏｍａｒｋｅｒｓ
ｔｏＰｒｅｄｉｃｔＲｅｃｕｒｒｅｎｔＣａｒｄｉｏｖａｓｃｕｌａｒＤｉｓｅａｓｅ：ＴｈｅＨｅａｒｔ＆ＳｏｕｌＳｔｕｄｙ” Ａｍ．Ｊ．Ｍｅｄ．１２１：５０－５７（２００８））のリスクの既に存在し、かつ重要な多数の予測因子が存在し、これらは臨床診療及び治療試験において広く使用されている。残念なことに、受信者動作特性曲線、ハザード比、及びコンコーダンスは、既存のリスク因子及びバイオマーカーの性能があまり高くないことを示す（約０．７５のＡＵＣは、これらの因子がコイントスと完全なものとの間の中間程度でしかないことを意味する）。診断性能の改善の必要性に加えて、短期かつ個人における有益な（及び有害な）介入及び生活様式の変化に自分自身で対応するリスク商品が必要とされている。広く利用されているフラミンガム方程式は、３つの主要な問題を有する。第１に、長期的すぎることである。フラミンガム方程式は、１０年のリスク計算を提供するが、人は将来的なリスクを軽視し、それに基づいて行動及び生活様式を変化させることを嫌う。第２に、介入にあまり応答しないことである。フラミンガム方程式は、減少し得ない暦年齢及び変更することが不可能な性別に非常に大きく依存する。第３に、ここで想定される高リスク集団において、フラミンガム因子は、高リスクと低リスクをうまく区別できないことである。高い四分位数と低い四分位数とのハザード比は、わずか２であり、対象をより細かい層（例えば、十分位数）に層別化することによりリスクを個別化するために、フラミンガムスコアを使用するよう試みる場合、観察されるイベント発生率は、十分位数の多くで同程度である。
【０００４】
心血管疾患のリスク因子は、治療の強度及び性質を向上させるために広く使用されており、これらの使用は、過去２０年にわたり観察された心血管疾患の罹患率及び死亡率の低減に貢献してきたことは間違いない。これらの因子は定型的にアルゴリズムに組み込まれてきたが、残念ながら、それらは全てのリスクを捕捉するわけではない（心疾患の最も一般的な最初の発現は、依然として死亡である）。実際には、恐らくそれらは、リスクの半
分を捕捉するにすぎない。かかるリスク因子の一次予防におけるＲＯＣ曲線下面積は、通常、約０．７６であり、二次予防においてははるかに悪い性能（通常は０．６２）であり、０．５のコイントスと１．０の完全なものとの間の性能の約１／４～１／２の数値にすぎない。
【０００５】
更に、３２０９人でのフラミンガム研究（Ｗａｎｇｅｔａｌ．，“ＭｕｌｔｉｐｌｅＢｉｏｍａｒｋｅｒｓｆｏｒｔｈｅＰｒｅｄｉｃｔｉｏｎｏｆＦｉｒｓｔ
ＭａｊｏｒＣａｒｄｉｏｖａｓｃｕｌａｒＥｖｅｎｔｓａｎｄＤｅａｔｈ” Ｎ．Ｅｎｇ．Ｊ．Ｍｅｄ．３５５：２６３１－２６３７（２００６））において、１０種のバイオマーカーの追加（ＣＲＰ、ＢＮＰ、ＮＴ－ｐｒｏＢＮＰ、アルドステロン、レニン、フィブリノゲン、Ｄダイマー、プラスミノーゲン活性化抑制因子１、ホモシステイン、及び尿アルブミン対クレアチニン比）は、既存のリスク因子に追加される場合、ＡＵＣをそれほど改善しなかった。０～５年までのイベントのＡＵＣは、年齢、性別、及び従来のリスク因子を用いた場合は０．７６であり、この組み合わせに最良の組み合わせのバイオマーカーを追加した場合は０．７７であり、二次予防については、状況はより悪化する。
【０００６】
高いリスクを有する個体により積極的な処置を行うことで結果が改善し得るため、１～５年の期間内に心血管イベントのより高リスクを有する患者を早期に同定することは重要である。従って、より高いリスクを有するとみなされる患者における心血管イベントのリスクを低減するための最適な管理には、積極的な介入が必要とされる一方で、心血管イベントのリスクがより低い患者は、患者に有益な効果をもたらさない可能性がある、高価かつ潜在的に侵襲的な処置を免れ得る。
【０００７】
所定期間内に特定の病的状態または疾患状態に罹患するリスクを予測するためのバイオマーカーの選択は、最初に、特定の医療用途について、イベントの確率及び／またはタイミングとの測定可能かつ統計的に有意な関係を有するマーカーを同定することを伴う。バイオマーカーとしては、関心対象の状態に至る因果経路で、または疾患もしくは状態の発症もしくは進行に対して下流でもしくは並行してのいずれかで、あるいはこれらの両方で分泌または排出された分子が挙げられ得る。それらは、心血管イベントの素因になる生物学的プロセスに応答して、心血管組織または他の器官、ならびに周囲組織及び循環細胞から血流に放出されるか、またはそれらは、腎機能の低下などの病態生理の下流作用を反映するものであり得る。バイオマーカーとしては、低分子、ペプチド、タンパク質、及び核酸が挙げられ得る。バイオマーカーの同定に影響を及ぼす重要な問題の幾つかとしては、利用可能なデータの過剰適合及びデータのバイアスが挙げられる。
【０００８】
バイオマーカーを同定し、疾患または状態に罹患するリスクを診断または予測する試みにおいて、種々な方法が利用されてきた。タンパク質に基づくのマーカーでは、これらの方法としては、二次元電気泳動、質量分析法、及びイムノアッセイ法が挙げられる。核酸マーカーでは、これらの方法としては、ｍＲＮＡ発現プロファイル、マイクロＲＮＡプロファイル、ＦＩＳＨ、遺伝子発現連鎖解析（ＳＡＧＥ）、大規模遺伝子発現アレイ、遺伝子配列決定、及び遺伝子型判定（ＳＮＰまたは小バリアント（ｓｍａｌｌｖａｒｉａｎｔ）解析）が挙げられる。
【０００９】
二次元電気泳動の有用性は、低い検出感度；タンパク質の溶解性、電荷、及び疎水性に関する問題；ゲルの再現性；及び単一のスポットが複数のタンパク質を示す可能性により制限される。質量分析について中心となる制限事項は、使用されるフォーマットに応じて、試料の処理及び分離、低存在量のタンパク質に対する感度、シグナル対ノイズ比の考慮、ならびに検出されたタンパク質を直ちに同定できないことである。バイオマーカー発見へのイムノアッセイによるアプローチにおける制限事項は、多数の分析物を測定するため
の抗体ベースのマルチプレックスアッセイができないことが中心となる。単純に、高品質の抗体のアレイを作成し、サンドイッチすることなく、それらの抗体に結合した分析物を測定する者もいるかもしれない（これは、形式的には、生物または細胞中の全てのＤＮＡまたはＲＮＡ配列をハイブリダイゼーションにより測定するために、ゲノム全体の核酸配列を使用することに等しいであろう。ハイブリダイゼーション実験は、ハイブリダイゼーションが同一性についてストリンジェントな試験であり得るため、効果がある）。しかしながら、非常に良好な抗体であっても、血液または更には細胞抽出物の文脈においては、通常、それらの結合パートナーの選択において、機能するのに十分なストリンジェンシーを有するものではない。なぜならば、それらのマトリックス中のタンパク質集団は、存在量が幅広く異なり、このことが、不良なシグナル対ノイズ比をもたらし得るためである。従って、バイオマーカー発見へのイムノアッセイベースのアプローチに関しては、異なるアプローチを使用せねばならず、すなわち、多数の分析物を同時に測定して、どの分析物が本当のバイオマーカーであるかを決定するために十分なストリンジェンシーを得るために、多重化ＥＬＩＳＡアッセイ（すなわち、サンドイッチ）を使用する必要があるだろう。サンドイッチイムノアッセイは、高含有量スケールにすることができず、従って、標準的なアレイフォーマットを使用して、ストリンジェントなサンドイッチイムノアッセイを使用するバイオマーカーの発見は不可能である。最後に、抗体試薬は、大きなロット間変動及び試薬の不安定性の影響を被る。タンパク質バイオマーカー発見のための本発明のプラットフォームは、この問題を克服する。
【００１０】
これらの方法の多くは、解析前の幾つかの種類の試料分画に依存するか、またはそれを必要とする。従って、一連の規定された試料集団における統計的に関連のあるバイオマーカーを同定及び発見するように設計された、十分に検出力のある研究を行うために必要とされる試料調製は極めて困難であり、高コストであり、時間がかかる。分画の間に、広範囲の変動が様々な試料にもたらされ得る。例えば、マーカー候補が処理に対して不安定であり得、マーカーの濃度が変化し得、不適切な凝集または解離が発生し得、不注意による試料汚染が発生し得、これらにより、疾患初期で予測される微妙な変化が不明瞭になる。
（【００１１】以降は省略されています）

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