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公開番号2025069453
公報種別公開特許公報(A)
公開日2025-04-30
出願番号2025021008,2023118556
出願日2025-02-12,2018-09-21
発明の名称エクソンスキッピングを誘発する核酸ポリペプチド組成物と方法
出願人アビディティーバイオサイエンシーズ,インク.
代理人個人,個人,個人,個人,個人
主分類C12N 15/113 20100101AFI20250422BHJP(生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学)
要約【課題】エクソンスキッピングを誘発する核酸ポリペプチド組成物と方法の提供。
【解決手段】エクソンスキッピングまたはエクソンインクルージョンを誘導するために、誤ってスプライシングされたmRNA転写産物における挿入、欠失、複製、あるいは変化を引き起こす分子および医薬組成物が本明細書で開示される。エクソンスキッピングまたはエクソンインクルージョンを誘導するために誤ってスプライシングされたmRNA転写産物における挿入、欠失、複製、あるいは変化を引き起こす分子あるいは医薬組成物を含む、疾患または障害を処置する方法が本明細書でさらに記載される。
【選択図】図3
特許請求の範囲【請求項１】
明細書に記載の発明。

発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
相互参照
本出願は、２０１７年９月２２日に出願された米国仮特許出願第６２／５６１，９３９号と、２０１８年７月１１日に出願された米国仮特許出願第６２／６９６，７６６号の利益を主張するものであり、これらは各々、その全体における引用により本明細書に組み込まれる。
続きを表示（約 16,000 文字）【背景技術】
【０００２】
ＲＮＡ機能の調節は治療的関心を集める発展途上の領域である。アンチセンスオリゴヌクレオチドと低分子干渉ＲＮＡのようにｍＲＮＡ安定性に影響を与える薬物は、ＲＮＡ機能を調節する一つの方法である。オリゴヌクレオチドの別の群は、最終的な遺伝子産物：コードされたタンパク質からｍＲＮＡ前駆体の特定の領域を包含または除外するために、ｍＲＮＡ前駆体の処理を変更することにより、ＲＮＡ機能を調節することができる。したがって、オリゴヌクレオチド治療薬は、疾患状態におけるタンパク質発現を調節する手段を表し、したがって、治療薬としての有用性を有している。
【発明の概要】
【０００３】
本明細書では、特定の実施形態において、ＲＮＡプロセシングを調節するための分子および医薬組成物が開示される。いくつかの実施形態において、筋ジストロフィーの処置のための分子と医薬組成物も本明細書で開示される。
【０００４】
本明細書では、ある実施形態において、被験体の誤ってスプライシングされたｍＲＮＡ転写産物によって引き起こされた疾患または障害を処置する方法が開示され、該方法は、被験体にポリ核酸分子抱合体を投与する工程を含み、ここで、ポリ核酸分子抱合体は細胞標的結合部分に結合され、ここで、ポリヌクレオチドは随意に、少なくとも１つの２’修飾ヌクレオチド、少なくとも１つの修飾されたヌクレオチド間結合、あるいは少なくとも１つの逆脱塩基部分を含み、ここで、ポリ核酸分子抱合体は、完全に処理されたｍＲＮＡ転写産物を生成するために、誤ってスプライシングされたｍＲＮＡ転写産物中のエクソンスキッピングまたはエクソンインクルージョンを誘発するべく、誤ってスプライシングされたｍＲＮＡ転写産物の挿入、欠失、複製、あるいは変化を誘発し、および、ここで、完全に処理されたｍＲＮＡ転写産物は、機能性タンパク質をコードし、それによって、被験体の疾患または障害を処置する。いくつかの実施形態において、疾患または障害はさらに、ｍＲＮＡ中の１つ以上の突然変異を特徴とする。いくつかの実施形態において、疾患または障害は、神経筋疾患、遺伝病、癌、遺伝性疾患、あるいは心血管疾患を含む。いくつかの実施形態において、疾患または障害は筋ジストロフィーである。いくつかの実施形態において、疾患または障害はデュシェンヌ型筋ジストロフィーである。いくつかの実施形態において、エクソンスキッピングは、ＤＭＤ遺伝子のエクソン８、２３、３５、４３、４４、４５、５０、５１、５２、５３、または、５５のものである。いくつかの実施形態において、エクソンスキッピングはＤＭＤ遺伝子のエクソン２３のものである。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子抱合体は、式（Ｉ）であり、
Ａ－Ｘ－Ｂ
式Ｉ
式中、
Ａは結合部分であり；
Ｂはポリヌクレオチドであり；および、
Ｘは単結合または第１のリンカーである。
いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子抱合体は、式（ＩＩ）であり、
Ａ－Ｘ－Ｂ－Ｙ－Ｃ
式ＩＩ
式中、
Ａは結合部分であり；
Ｂはポリヌクレオチドであり；
Ｃは高分子であり；
Ｘは単結合または第１のリンカーであり；および、
Ｙは単結合または第２のリンカーである。
いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子抱合体は、式（ＩＩＩ）であり：
Ａ－Ｘ－Ｃ－Ｙ－Ｂ
式ＩＩＩ
式中、
Ａは結合部分であり；
Ｂはポリヌクレオチドであり；
Ｃは高分子であり；
Ｘは単結合または第１のリンカーであり；および、
Ｙは単結合または第２のリンカーである。
いくつかの実施形態において、少なくとも１つの２’修飾ヌクレオチドは、モルホリノ、２’－Ｏ－メチル、２’－Ｏ－メトキシエチル（２’－Ｏ－ＭＯＥ）、２’－Ｏ－アミノプロピル、２’－デオキシ、Ｔ－デオキシ－２’－フルオロ、２’－Ｏ－アミノプロピル（２’－Ｏ－ＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＯＥ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノプロピル（２’－Ｏ－ＤＭＡＰ）、Ｔ－Ｏ－ジメチルアミノエチルオキシエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＥＯＥ）、または、２’－Ｏ－Ｎ－メチルアセトアミド（２’－Ｏ－ＮＭＡ）修飾ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの２’修飾ヌクレオチドは、ロックド核酸（ＬＮＡ）、エチレン核酸（ＥＮＡ）、あるいはペプチド核酸（ＰＮＡ）を含む。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの２’修飾ヌクレオチドは、モルホリノを含む。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの逆塩基部分は少なくとも１つの末端である。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの修飾されたヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合あるいはホスホロジチオエート結合を含む。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子は、少なくとも約１０から約３０ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子は、約１５から約３０、約１８から約２５、約１８から約２４、約１９から約２３、約２０から約２２ヌクレオチド長さの少なくとも１つである。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子は、少なくとも約１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、または２５ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子は以下の少なくとも１つを含む：約５％から約１００％の修飾、約１０％から約１００％の修飾、約２０％から約１００％の修飾、約３０％から約１００％の修飾、約４０％から約１００％の修飾、約５０％から約１００％の修飾、約６０％から約１００％の修飾、約７０％から約１００％の修飾、約８０％から約１００％の修飾、および、約９０％から約１００％の修飾。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子は以下の少なくとも１つを含む：約１０％から約９０％の修飾、約２０％から約９０％の修飾、約３０％から約９０％の修飾、約４０％から約９０％の修飾、約５０％から約９０％の修飾、約６０％から約９０％の修飾、約７０％から約９０％の修飾、および、約８０％から約１００％の修飾。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子は以下の少なくとも１つを含む：約１０％から約８０％の修飾、約２０％から約８０％の修飾、約３０％から約８０％の修飾、約４０％から約８０％の修飾、約５０％から約８０％の修飾、約６０％から約８０％の修飾、および、約７０％から約８０％の修飾。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子は以下の少なくとも１つを含む：約１０％から約７０％の修飾、約２０％から約７０％の修飾、約３０％から約７０％の修飾、約４０％から約７０％の修飾、約５０％から約７０％の修飾、および、約６０％から約７０％の修飾。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子は以下の少なくとも１つを含む：約１０％から約６０％の修飾、約２０％から約６０％の修飾、約３０％から約６０％の修飾、約４０％から約６０％の修飾、および約５０％から約６０％の修飾。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子は以下の少なくとも１つを含む：約１０％から約５０％の修飾、約２０％から約５０％の修飾、約３０％から約５０％の修飾、および約４０％から約５０％の修飾。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子は以下の少なくとも１つを含む：約１０％から約４０％の修飾、約２０％から約４０％の修飾、および約３０％から約４０％の修飾。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子は以下の少なくとも１つを含む：約１０％から約３０％の修飾、および約２０％から約３０％の修飾。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子は約１０％から約２０％の修飾を含む。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子は約１５％から約９０％、約２０％から約８０％、約３０％から約７０％、あるいは約４０％から約６０％の修飾を含む。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子は少なくとも約１５％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、または９９％の修飾を含む。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子は少なくとも約３、約４、約５、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９、約２０、約２１、約２２、またはそれ以上の修飾を含む。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子は、少なくとも約１、約２、約３、約４、約５、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９、約２０、約２１、約２２、またはそれ以上の修飾されたヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子は一本鎖を含む。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子は二本以上の鎖を含む。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子は、二本鎖ポリ核酸分子を形成するために、第１のポリヌクレオチドと、第１のポリヌクレオチドにハイブリダイズされた第２のポリヌクレオチドとを含む。いくつかの実施形態では、第２のポリヌクレオチドは少なくとも１つの修飾を含む。いくつかの実施形態では、第１のポリヌクレオチドおよび第２のポリヌクレオチドはＲＮＡ分子である。いくつかの実施形態では、第１のポリヌクレオチドおよび第２のポリヌクレオチドはｓｉＲＮＡ分子である。いくつかの実施形態において、ＸとＹは独立して、単結合、分解性リンカー、非分解性リンカー、切断リンカー、あるいは非ポリマーリンカー基である。いくつかの実施形態において、Ｘは単結合である。いくつかの実施形態において、ＸはＣ
１
－Ｃ
６
アルキル基である。いくつかの実施形態において、ＹはＣ
１
－Ｃ
６
アルキル基である。いくつかの実施形態において、Ｘは、随意にＣ
１
－Ｃ
６
アルキル基に結合された、ホモ二機能性リンカーあるいはヘテロ二機能性リンカーである。いくつかの実施形態において、Ｙはホモ二機能性リンカーあるいはヘテロ二機能性リンカーである。いくつかの実施形態では、結合部分は、抗体またはその結合フラグメントである。いくつかの実施形態では、抗体またはその結合フラグメントは、ヒト化抗体またはその結合フラグメント、キメラ抗体またはその結合フラグメント、モノクローナル抗体またはその結合フラグメント、一価Ｆａｂ’、二価Ｆａｂ
２
、一本鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖ）、ダイアボディ、ミニボディ（ｍｉｎｉｂｏｄｙ）、ナノボディ、単一ドメイン抗体（ｓｄＡｂ）、またはラクダ抗体、あるいはその結合フラグメントを含む。いくつかの実施形態では、Ｃはポリエチレングリコールである。いくつかの実施形態では、Ｃは約５，０００Ｄａの分子量を有する。いくつかの実施形態において、Ａ－ＸはＢの５’末端へ共役され、Ｙ－ＣはＢの３’末端へ共役される。いくつかの実施形態において、Ｙ－ＣはＢの５’末端へ共役され、Ａ－ＸはＢの３’末端へ共役される。いくつかの実施形態において、Ａ－Ｘ、Ｙ－Ｃ、またはその組み合わせは、ヌクレオチド間結合群に共役される。いくつかの実施形態では、上記方法はＤをさらに含む。いくつかの実施形態において、ＤはＣあるいはＡに共役される。いくつかの実施形態において、Ｄは、式（ＩＶ）に係る式（ＩＩ）の分子抱合体に結合され、
（Ａ－Ｘ－Ｂ－Ｙ－Ｃ
ｃ
）－Ｌ－Ｄ
式ＩＶ
式中、
Ａは結合部分であり；
Ｂはポリヌクレオチドであり；
Ｃは高分子であり；
Ｘは単結合または第１のリンカーであり；
Ｙは単結合または第２のリンカーであり；
Ｌは単結合または第３のリンカーであり；
Ｄはエンドソーム溶解部分であり；および、
ｃは０と１の間の整数であり；
ここで、ポリヌクレオチドは、少なくとも１つの２’修飾ヌクレオチド、少なくとも１つの修飾されたヌクレオチド間結合、あるいは少なくとも１つの逆脱塩基部分を含み、および、Ｄは、Ａ、Ｂ、またはＣのいかなる場所に共役している。
いくつかの実施形態では、ＤはＩＮＦ７またはメリチンである。いくつかの実施形態では、ＬはＣ
１
－Ｃ
６
アルキル基である。いくつかの実施形態では、Ｌはホモ二機能性リンカーあるいはヘテロ二機能性リンカーである。いくつかの実施形態において、上記方法はさらに少なくとも第２の結合部分Ａを含む。いくつかの実施形態において、少なくとも第２の結合部分Ａは、Ａ、Ｂ、またはＣに共役される。
【０００５】
いくつかの実施形態において、誤ってスプライシングされたｍＲＮＡ転写産物中のエクソンスキッピングあるいはエクソンインクルージョンを誘発するために、誤ってスプライシングされたｍＲＮＡ転写産物の挿入、欠失、複製、または変化を誘発する方法が本明細書で開示され、前記方法は：標的細胞をポリ核酸分子抱合体に接触させる工程であって、ポリヌクレオチドが、少なくとも１つの２’修飾ヌクレオチド、少なくとも１つの修飾されたヌクレオチド間結合、あるいは少なくとも１つの逆脱塩基部分を含む、工程と；エクソンスキッピングまたはエクソンインクルージョンを誘発するために、誤ってスプライシングされたｍＲＮＡ転写産物の挿入、欠失、複製あるいは変化を誘発するべく、標的細胞内の誤ってスプライシングされたｍＲＮＡ転写産物へポリ核酸分子抱合体をハイブリダイズする工程であって、誤ってスプライシングされたｍＲＮＡ転写産物がタンパク質の機能形態をコードすることができる、工程と；前の工程の完全に処理されたｍＲＮＡ転写産物のタンパク質の機能形態を翻訳する工程を、含む。いくつかの実施形態において、標的細胞は被験体の標的細胞である。いくつかの実施形態において、誤ってスプライシングされたｍＲＮＡ転写産物はさらに疾患または障害を誘発する。いくつかの実施形態において、疾患または障害はさらに、ｍＲＮＡ中の１つ以上の突然変異を特徴とする。いくつかの実施形態において、疾患または障害は、神経筋疾患、遺伝病、癌、遺伝性疾患、あるいは心血管疾患を含む。いくつかの実施形態において、疾患または障害は筋ジストロフィーである。いくつかの実施形態において、疾患または障害はデュシェンヌ型筋ジストロフィーである。いくつかの実施形態において、エクソンスキッピングは、ＤＭＤ遺伝子のエクソン８、２３、３５、４３、４４、４５、５０、５１、５２、５３、または、５５のものである。いくつかの実施形態において、エクソンスキッピングはＤＭＤ遺伝子のエクソン２３のものである。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子抱合体は、式（Ｉ）であり、
Ａ－Ｘ－Ｂ
式Ｉ
式中、
Ａは結合部分であり；
Ｂはポリヌクレオチドであり；および、
Ｘは単結合または第１のリンカーである。
いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子抱合体は、式（ＩＩ）であり、
Ａ－Ｘ－Ｂ－Ｙ－Ｃ
式ＩＩ
式中、
Ａは結合部分であり；
Ｂはポリヌクレオチドであり；
Ｃは高分子であり；
Ｘは単結合または第１のリンカーであり；および、
Ｙは単結合または第２のリンカーである。
いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子抱合体は、式（ＩＩＩ）であり：
Ａ－Ｘ－Ｃ－Ｙ－Ｂ
式ＩＩＩ
式中、
Ａは結合部分であり；
Ｂはポリヌクレオチドであり；
Ｃは高分子であり；
Ｘは単結合または第１のリンカーであり；および、
Ｙは単結合または第２のリンカーである。
いくつかの実施形態において、少なくとも１つの２’修飾ヌクレオチドは、モルホリノ、２’－Ｏ－メチル、２’－Ｏ－メトキシエチル（２’－Ｏ－ＭＯＥ）、２’－Ｏ－アミノプロピル、２’－デオキシ、Ｔ－デオキシ－２’－フルオロ、２’－Ｏ－アミノプロピル（２’－Ｏ－ＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＯＥ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノプロピル（２’－Ｏ－ＤＭＡＰ）、Ｔ－Ｏ－ジメチルアミノエチルオキシエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＥＯＥ）、または、２’－Ｏ－Ｎ－メチルアセトアミド（２’－Ｏ－ＮＭＡ）修飾ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの２’修飾ヌクレオチドは、ロックド核酸（ＬＮＡ）、エチレン核酸（ＥＮＡ）、ペプチド核酸（ＰＮＡ）を含む。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの２’修飾ヌクレオチドは、モルホリノを含む。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの逆塩基部分は少なくとも１つの末端である。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの修飾されたヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合あるいはホスホロジチオエート結合を含む。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子は、少なくとも約１０から約３０ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子は以下の少なくとも１つである：約１５から約３０、約１８から約２５、約１８から約２４、約１９から約２３、約２０から約２２ヌクレオチド長さの少なくとも１つである。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子は、少なくとも約１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、または２５ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子は以下の少なくとも１つを含む：約５％から約１００％の修飾、約１０％から約１００％の修飾、約２０％から約１００％の修飾、約３０％から約１００％の修飾、約４０％から約１００％の修飾、約５０％から約１００％の修飾、約６０％から約１００％の修飾、約７０％から約１００％の修飾、約８０％から約１００％の修飾、および、約９０％から約１００％の修飾。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子は以下の少なくとも１つを含む：約１０％から約９０％の修飾、約２０％から約９０％の修飾、約３０％から約９０％の修飾、約４０％から約９０％の修飾、約５０％から約９０％の修飾、約６０％から約９０％の修飾、約７０％から約９０％の修飾、および、約８０％から約１００％の修飾。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子は以下の少なくとも１つを含む：約１０％から約８０％の修飾、約２０％から約８０％の修飾、約３０％から約８０％の修飾、約４０％から約８０％の修飾、約５０％から約８０％の修飾、約６０％から約８０％の修飾、および、約７０％から約８０％の修飾。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子は以下の少なくとも１つを含む：約１０％から約７０％の修飾、約２０％から約７０％の修飾、約３０％から約７０％の修飾、約４０％から約７０％の修飾、約５０％から約７０％の修飾、および、約６０％から約７０％の修飾。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子は以下の少なくとも１つを含む：約１０％から約６０％の修飾、約２０％から約６０％の修飾、約３０％から約６０％の修飾、約４０％から約６０％の修飾、および約５０％から約６０％の修飾。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子は以下の少なくとも１つを含む：約１０％から約５０％の修飾、約２０％から約５０％の修飾、約３０％から約５０％の修飾、および約４０％から約５０％の修飾。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子は以下の少なくとも１つを含む：約１０％から約４０％の修飾、約２０％から約４０％の修飾、および約３０％から約４０％の修飾。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子は以下の少なくとも１つを含む：約１０％から約３０％の修飾、および約２０％から約３０％の修飾。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子は約１０％から約２０％の修飾を含む。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子は約１５％から約９０％、約２０％から約８０％、約３０％から約７０％、あるいは約４０％から約６０％の修飾を含む。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子は少なくとも約１５％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、または９９％の修飾を含む。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子は少なくとも約３、約４、約５、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９、約２０、約２１、約２２、またはそれ以上の修飾を含む。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子は、少なくとも約１、約２、約３、約４、約５、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９、約２０、約２１、約２２、またはそれ以上の修飾されたヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子は一本鎖を含む。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子は二本以上の鎖を含む。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子は、二本鎖ポリ核酸分子を形成するために、第１のポリヌクレオチドと、第１のポリヌクレオチドにハイブリダイズされた第２のポリヌクレオチドとを含む。いくつかの実施形態では、第２のポリヌクレオチドは少なくとも１つの修飾を含む。いくつかの実施形態では、第１のポリヌクレオチドおよび第２のポリヌクレオチドはＲＮＡ分子である。いくつかの実施形態では、第１のポリヌクレオチドおよび第２のポリヌクレオチドはｓｉＲＮＡ分子である。いくつかの実施形態において、ＸとＹは独立して、単結合、分解性リンカー、非分解性リンカー、切断リンカー、あるいは非ポリマーリンカー基である。いくつかの実施形態において、Ｘは単結合である。いくつかの実施形態において、ＸはＣ
１
－Ｃ
６
アルキル基である。いくつかの実施形態において、ＹはＣ
１
－Ｃ
６
アルキル基である。いくつかの実施形態において、Ｘは、随意にＣ
１
－Ｃ
６
アルキル基に結合された、ホモ二機能性リンカーあるいはヘテロ二機能性リンカーである。いくつかの実施形態において、Ｙはホモ二機能性リンカーあるいはヘテロ二機能性リンカーである。いくつかの実施形態では、結合部分は、抗体またはその結合フラグメントである。いくつかの実施形態では、抗体またはその結合フラグメントは、ヒト化抗体またはその結合フラグメント、キメラ抗体またはその結合フラグメント、モノクローナル抗体またはその結合フラグメント、一価Ｆａｂ’、二価Ｆａｂ
２
、一本鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖ）、ダイアボディ、ミニボディ（ｍｉｎｉｂｏｄｙ）、ナノボディ、単一ドメイン抗体（ｓｄＡｂ）、またはラクダ抗体、あるいはその結合フラグメントを含む。いくつかの実施形態では、Ｃはポリエチレングリコールである。いくつかの実施形態では、Ｃは約５，０００Ｄａの分子量を有する。いくつかの実施形態において、Ａ－ＸはＢの５’末端へ共役され、Ｙ－ＣはＢの３’末端へ共役される。いくつかの実施形態において、Ｙ－ＣはＢの５’末端へ共役され、Ａ－ＸはＢの３’末端へ共役される。いくつかの実施形態において、Ａ－Ｘ、Ｙ－Ｃ、またはその組み合わせは、ヌクレオチド間結合群に共役される。いくつかの実施形態では、上記方法はＤをさらに含む。いくつかの実施形態において、ＤはＣあるいはＡに共役される。いくつかの実施形態において、Ｄは、式（ＩＶ）に係る式（ＩＩ）の分子抱合体に結合され、
（Ａ－Ｘ－Ｂ－Ｙ－Ｃ
ｃ
）－Ｌ－Ｄ
式ＩＶ
式中、
Ａは結合部分であり；
Ｂはポリヌクレオチドであり；
Ｃは高分子であり；
Ｘは単結合または第１のリンカーであり；
Ｙは単結合または第２のリンカーであり；
Ｌは単結合または第３のリンカーであり；
Ｄはエンドソーム溶解部分であり；および、
ｃは０と１の間の整数であり；
ここで、ポリヌクレオチドは、少なくとも１つの２’修飾ヌクレオチド、少なくとも１つの修飾されたヌクレオチド間結合、あるいは少なくとも１つの逆脱塩基部分を含み、および、Ｄは、Ａ、Ｂ、またはＣのいかなる場所に共役している。
いくつかの実施形態では、ＤはＩＮＦ７またはメリチンである。いくつかの実施形態では、ＬはＣ
１
－Ｃ
６
アルキル基である。いくつかの実施形態では、Ｌはホモ二機能性リンカーあるいはヘテロ二機能性リンカーである。いくつかの実施形態において、上記方法はさらに少なくとも第２の結合部分Ａを含む。いくつかの実施形態において、少なくとも第２の結合部分Ａは、Ａ、Ｂ、またはＣに共役される。いくつかの実施形態において、方法はインビボの方法である。いくつかの実施形態において、方法はインビトロの方法である。いくつかの実施形態では、被験体はヒトである。
【０００６】
特定の実施形態において、本明細書に開示される方法のいずれか１つによって得られた分子と薬学的に許容可能な賦形剤とを含む医薬組成物が開示される。いくつかの実施形態において、医薬組成物はナノ粒子製剤として製剤される。いくつかの実施形態において、医薬組成物は、非経口投与、経口投与、鼻腔内投与、バッカル投与、直腸投与、または経皮投与のために製剤される。
【０００７】
ある実施形態において、ポリ核酸分子抱合体を含む組成物が本明細書で開示され、ここで、ポリ核酸分子抱合体は、ＳＥＱＩＤＮＯ：４５－９６３に対して少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％の配列同一性を有する配列を含むポリヌクレオチドを含んでいる。ある実施形態において、ポリ核酸分子抱合体を含む組成物が本明細書で開示され、ここで、ポリ核酸分子抱合体は、ＳＥＱＩＤＮＯ：４５－９６３に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％の配列同一性を有する配列を含むポリヌクレオチドを含んでいる。特定の実施形態において、ポリ核酸分子抱合体は、式（Ｉ）であり：
Ａ－Ｘ－Ｂ
式Ｉ
式中、
Ａは結合部分であり；
Ｂはポリヌクレオチドであり；および、
Ｘは単結合または第１のリンカーである。
特定の実施形態において、ポリ核酸分子抱合体は、式（ＩＩ）であり：
Ａ－Ｘ－Ｂ－Ｙ－Ｃ
式ＩＩ
式中、
Ａは結合部分であり；
Ｂはポリヌクレオチドであり；
Ｃは高分子であり；
Ｘは単結合または第１のリンカーであり；および、
Ｙは単結合または第２のリンカーである。
特定の実施形態において、ポリ核酸分子抱合体は、式（ＩＩＩ）であり：
Ａ－Ｘ－Ｃ－Ｙ－Ｂ
式ＩＩＩ
式中、
Ａは結合部分であり；
Ｂはポリヌクレオチドであり；
Ｃは高分子であり；
Ｘは単結合または第１のリンカーであり；および、
Ｙは単結合または第２のリンカーである。
【０００８】
ある実施形態において、少なくとも１つの２’修飾ヌクレオチドは、モルホリノ、２’－Ｏ－メチル、２’－Ｏ－メトキシエチル（２’－Ｏ－ＭＯＥ）、２’－Ｏ－アミノプロピル、２’－デオキシ、Ｔ－デオキシ－２’－フルオロ、２’－Ｏ－アミノプロピル（２’－Ｏ－ＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＯＥ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノプロピル（２’－Ｏ－ＤＭＡＰ）、Ｔ－Ｏ－ジメチルアミノエチルオキシエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＥＯＥ）、または、２’－Ｏ－Ｎ－メチルアセトアミド（２’－Ｏ－ＮＭＡ）修飾ヌクレオチドを含む。ある実施形態において、少なくとも１つの２’修飾ヌクレオチドはモルホリノを含む。
【０００９】
ある実施形態において、ＤＭＤ遺伝子のｍＲＮＡ前駆体転写産物の標的領域にハイブリダイズする少なくとも１つのポリ核酸分子と結合する標的細胞結合部分を含む、ポリ核酸抱合体が本明細書に開示され、ここで、少なくとも１つのポリ核酸分子は、機能性ジストロフィンタンパク質をコードするｍＲＮＡ転写産物を生成するためにｍＲＮＡ前駆体転写産物からエクソンのスプライシングアウトを誘発する。いくつかの実施形態において、機能性ジストロフィンタンパク質は、ジストロフィンタンパク質からの切断された形態である。いくつかの実施形態において、標的領域はエクソン－イントロン接合部にあり、ここで、エクソンは、スプライシングアウトされることになっているエクソンである。いくつかの実施形態において、エクソンは、エクソン８、２３、３５、４３、４４、４５、５０、５１、５２、５３、または５５である。いくつかの実施形態において、エクソン－イントロン接合部は、スプライシングアウトされることになっているエクソンの５’に位置する。いくつかの実施形態において、標的領域はエクソン－イントロン接合部の上流のイントロン領域である。いくつかの実施形態において、標的領域は、エクソン－イントロン接合部の約５００、４５０、４００、３５０、３００、２５０、２００、１５０、１００、９０、８０、７０、６０、５０、４０、３０、２０、あるいは１０ヌクレオチド上流である。いくつかの実施形態において、エクソン－イントロン接合部は、スプライシングアウトされることになっているエクソンの３’に位置する。いくつかの実施形態において、標的領域はエクソン－イントロン接合部の下流のイントロン領域である。いくつかの実施形態において、標的領域は、エクソン－イントロン接合部の約５００、４５０、４００、３５０、３００、２５０、２００、１５０、１００、９０、８０、７０、６０、５０、４０、３０、２０、あるいは１０ヌクレオチド下流である。いくつかの実施形態において、標的細胞結合部分は、２以上、３以上、４以上、５以上、６以上、あるいは８以上のポリ核酸分子に結合する。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子は、約１０から約５０ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子は、ＳＥＱＩＤＮＯ：９６４－１２８５から選択された配列に対して、約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、あるいは９９％の配列同一性を含む。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子は、ＳＥＱＩＤＮＯ：９６４－１２８５から選択された塩基配列の少なくとも１０、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、またはそれ以上の隣接する塩基を含む。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子はさらに、１、２、３、あるいは４つのミスマッチを含む。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子は、ＳＥＱＩＤＮＯ：１０５６－１０９４、１１４７－１１６２、または、１１７３－１２１１から選択された塩基配列の少なくとも１０、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、またはそれ以上の隣接する塩基を含む。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子は、ＳＥＱＩＤＮＯ：１０５６－１０７６から選択された塩基配列の少なくとも１０、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、またはそれ以上の隣接する塩基を含む。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子は、ＳＥＱＩＤＮＯ：１０７７－１０９４から選択された塩基配列の少なくとも１０、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、またはそれ以上の隣接する塩基を含む。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子は、ＳＥＱＩＤＮＯ：１０７７－１０９４から選択された塩基配列の少なくとも１０、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、またはそれ以上の隣接する塩基を含む。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子は、ＳＥＱＩＤＮＯ：１１７３－１２１１から選択された塩基配列の少なくとも１０、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、またはそれ以上の隣接する塩基を含む。いくつかの実施形態では、結合部分は抗体を含む。いくつかの実施形態において、抗体は、抗トランスフェリン抗体を含む。いくつかの実施形態において、結合部分は血漿タンパク質を含む。いくつかの実施形態において、ポリ核酸抱合体は、Ａ－（Ｘ
１
－Ｂ）
ｎ
；式（∨）を含み、式中、Ａは結合部分を含み；Ｂはポリ核酸分子からなり；Ｘ
１
は単結合あるいは第１の非高分子リンカーからなり；および、ｎは１－１２から選択された平均値である。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子は、パッセンジャー鎖とガイド鎖とを含む。いくつかの実施形態において、ガイド鎖は、少なくとも１つの修飾されたヌクレオチド間結合、少なくとも１つの逆脱塩基部分、少なくとも１つの５’－ビニルホスホネート修飾された非天然のヌクレオチド、あるいは、これらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、ガイド鎖は、約２、３、４、５、６、７、８、あるいは９つのホスホロチオエート修飾された非天然のヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、ガイド鎖は、１つのホスホロチオエート修飾された非天然のヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、ホスホロチオエート修飾された非天然のヌクレオチドは、ポリヌクレオチドのヌクレオチド間結合に位置する。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの５’－ビニルホスホネート修飾された非天然のヌクレオチドは、ガイド鎖の５’末端から、約１、２、３、４、あるいは５つの塩基離れて位置する。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの５’－ビニルホスホネート修飾された非天然のヌクレオチドは、２’－位置でさらに修飾される。いくつかの実施形態において、２’－修飾は、２’－Ｏ－メチル、２’－Ｏ－メトキシエチル（２’－Ｏ－ＭＯＥ）、２’－デオキシ、Ｔ－デオキシ－２’－フルオロ、２’－Ｏ－アミノプロピル（２’－Ｏ－ＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＯＥ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノプロピル（２’－Ｏ－ＤＭＡＰ）、Ｔ－Ｏ－ジメチルアミノエチルオキシエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＥＯＥ）、または、２’－Ｏ－Ｎ－メチルアセトアミド（２’－Ｏ－ＮＭＡ）修飾されたヌクレオチドから選択される。いくつかの実施形態において、パッセンジャー鎖は、少なくとも６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、またはそれ以上のホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー修飾された非天然のヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、パッセンジャー鎖は、１００％ホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー修飾された非天然のヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、パッセンジャー鎖はガイド鎖よりも長さが短く、それによって、５’オーバーハング、３’オーバーハング、あるいはこれらの組み合わせを生成する。いくつかの実施形態において、パッセンジャー鎖はガイド鎖と長さが等しく、それによって、ポリ核酸分子の各末端で平滑末端を生成する。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子はホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー／ＲＮＡヘテロ二本鎖である。いくつかの実施形態において、パッセンジャー鎖は、少なくとも６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、またはそれ以上のペプチド核酸修飾された非天然のヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、パッセンジャー鎖は、１００％ペプチド核酸修飾された非天然のヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、パッセンジャー鎖はガイド鎖よりも長さが短く、それによって、５’オーバーハング、３’オーバーハング、あるいはこれらの組み合わせを生成する。いくつかの実施形態において、パッセンジャー鎖はガイド鎖と長さが等しく、それによって、ポリ核酸分子の各末端で平滑末端を生成する。いくつかの実施形態において、ポリ核酸分子はペプチド核酸／ＲＮＡヘテロ二本鎖である。いくつかの実施形態において、パッセンジャー鎖はＡ－Ｘ
１
に共役する。いくつかの実施形態において、Ａ－Ｘ
１
はパッセンジャー鎖の５’末端に共役する。いくつかの実施形態において、Ａ－Ｘ
１
はパッセンジャー鎖の３’末端に共役する。いくつかの実施形態において、Ｘ
１
は単結合である。いくつかの実施形態において、Ｘ
１
はＣ
１
－Ｃ
６
アルキル基である。いくつかの実施形態において、Ｘ
１
は、Ｃ
１
－Ｃ
６
アルキル基に随意に結合された、ホモ二機能性リンカーあるいはヘテロ二機能性リンカーである。いくつかの実施形態において、ポリ核酸抱合体はさらにＣを含む。いくつかの実施形態では、Ｃはポリエチレングリコールである。いくつかの実施形態において、ＣはＸ
２
を介してＢに直接共役する。いくつかの実施形態において、Ｘ
２
は単結合あるいは第２の非高分子リンカーからなる。いくつかの実施形態において、Ｘ
２
は単結合である。いくつかの実施形態において、Ｘ
２
はＣ
１
－Ｃ
６
アルキル基である。いくつかの実施形態において、Ｘ
２
は、Ｃ
１
－Ｃ
６
アルキル基に随意に結合された、ホモ二機能性リンカーあるいはヘテロ二機能性リンカーである。いくつかの実施形態において、パッセンジャー鎖はＡ－Ｘ
１
とＸ
２
－Ｃに共役する。いくつかの実施形態において、Ａ－Ｘ
１
はパッセンジャー鎖の５’末端に結合され、Ｘ
２
－Ｃはパッセンジャー鎖の３’末端へ共役する。いくつかの実施形態において、Ｘ
２
－Ｃはパッセンジャー鎖の５’末端に結合され、Ａ－Ｘ
１
はパッセンジャー鎖の３’末端へ共役する。いくつかの実施形態において、ポリ核酸抱合体はＡ－Ｘ
１
－（Ｂ－Ｘ
２
－Ｃ）
ｎ
；式（ＶＩ）を含み；式中、Ａは結合部分を含み；Ｂはポリ核酸分子からなり；Ｃはポリマーからなり；Ｘ
１
は単結合あるいは第１の非高分子リンカーからなり；Ｘ
２
は単結合あるいは第２の非高分子リンカーからなり；および、ｎは１－１２から選択された平均値である。いくつかの実施形態において、ポリ核酸抱合体はさらにＤを含む。いくつかの実施形態において、Ｄはエンドソーム溶解部分である。
【００１０】
特定の実施形態において、ＳＥＱＩＤＮＯ：１０５６－１０５８あるいは１０８７－１０８９から選択された塩基配列の少なくとも２３の隣接する塩基を含むポリ核酸分子が本明細書に開示され、ここで、ポリ核酸分子は５０以下のヌクレオチド長さを含む。
（【００１１】以降は省略されています）

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