特許ウォッチ

公開番号2025076406
公報種別公開特許公報(A)
公開日2025-05-15
出願番号2024191909
出願日2024-10-31
発明の名称がん免疫療法に対する応答を予測するための方法、システム及び組成物
出願人テンパス・エーアイ・インコーポレイテッド
代理人個人,個人,個人
主分類C12Q 1/6869 20180101AFI20250508BHJP(生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学)
要約【課題】がん免疫療法に応答する可能性が高い対象を同定するためのシステム、方法及び組成物を提供すること。
【解決手段】開示された方法は、1つ又は複数のモデル構成成分を、機械学習アルゴリズムに適用する工程を含み得る。1つ又は複数のモデル構成成分は、対象からのRNA及び/又はDNAシーケンシングから導き出され、チェックポイント関連遺伝子シグネチャー、免疫疲弊シグネチャー、がん免疫シグネチャー、腫瘍遺伝子変異量又は顆粒球性骨髄由来サプレッサー細胞シグネチャーを含み得る。
【選択図】図1A
特許請求の範囲【請求項１】
がん免疫(IO)療法を用いる処置について対象を選択する方法であって、対象ががんの処置を必要としており、
1つ又は複数のプロセッサと、1つ又は複数のプロセッサによる実行のための1つ又は複数のプログラムを記憶するメモリーとを有するコンピュータシステムで、
1つ又は複数のプロセッサによって、がんの試料からのシーケンシングデータから導き出された1つ又は複数のモデル構成成分を、1つ又は複数の機械学習アルゴリズム(MLA)に適用する工程であって、シーケンシングデータが、RNAシーケンシングデータ及びDNAシーケンシングデータを含み、1つ又は複数のモデル構成成分が、腫瘍遺伝子変異量(TMB)、チェックポイント関連遺伝子シグネチャー、免疫疲弊シグネチャー、顆粒球性骨髄由来サプレッサー細胞(gMDSC)シグネチャー及びがん免疫シグネチャーを含む、工程、
レポートを表示する工程であって、レポートが、対象ががん免疫療法について選択されることを指し示すものを含む、工程
を含む、方法。
続きを表示（約 7,500 文字）【請求項２】
対象が、PD-L1低、PD-L1中間であるがんを有する、又は低い腫瘍遺伝子変異量を有する、請求項1に記載の方法。
【請求項３】
1つ又は複数の機械学習アルゴリズム(MLA)が、がんと診断された対象のコホートからのトレーニングデータでトレーニングされる、請求項1に記載の方法。
【請求項４】
1つ又は複数のMLAが、変分オートエンコーダ、加速失敗時間モデル、パラメトリック生存モデル、Cox比例ハザードモデル、ランダムフォレストモデル、勾配ブースティング生存モデル、線形モデル、リカレントニューラルネットワーク、トランスフォーマーニューラルネットワーク又は畳み込みニューラルネットワークを含む、請求項1に記載の方法。
【請求項５】
チェックポイント関連遺伝子シグネチャーが、CD274、SPP1、CXCL9、CD74、CD276、IDO1、PDCD1LG2及びTNFRSF5から選択される1つ又は複数の遺伝子の発現値を含む、請求項1に記載の方法。
【請求項６】
チェックポイント関連遺伝子シグネチャーが、CD274、SPP1、CXCL9、CD74、CD276、IDO1、PDCD1LG2及びTNFRSF5の発現値を含む、請求項1に記載の方法。
【請求項７】
免疫疲弊シグネチャーが、以下の遺伝子TMSB4X、CCL5、TSC22D3、CYTOR、CXCL13、TXNIP、PTPRCAP、RGCC、IGLC3、CYTIP、IGHV1-69D、CXCR4、HMGN2、HSPD1、NEU1、TPD52、GZMB、PIM1、SRGN、BST2、PDE4B、HSPA8、PRF1、CD7及びSLC38A5の発現値を含む、請求項1に記載の方法。
【請求項８】
免疫疲弊シグネチャーが、TMSB4X、CCL5、TSC22D3、CYTOR、CXCL13、TXNIP、PTPRCAP、RGCC、IGLC3、CYTIP、IGHV1-69D、CXCR4、HMGN2、HSPD1、NEU1、TPD52、GZMB、PIM1、SRGN、BST2、PDE4B、HSPA8、PRF1、CD7、SLC38A5、TIFA、DOK2、PPP1R2、DMAC1、DNAJB1、TAGAP、GZMA、CD27、GADD45A、HSPH1、STMN1、GZMH、CLIC3、GLIPR1、CHORDC1、CD3E、CD69、BAG3、ATF3、MICB、TRBC2、EZR、ARHGDIB、CASC8、ITM2A、DDX24、CD52、RAC2、TERF2IP、ELF1、FAM96B、GGH、NKG7、LY6E、CITED2、ZFAND2A、SAMSN1、CST7、CDKN3、TCEAL3、BBC3、IL32、MBD4、DNAJA4、TMEM141、UBB、HCST、IGLV1-40、HOPX、RHOH、USB1、H2AFZ、CSRP1、IKZF1、RGS2、IGLC2、CCND2、SELPLG、FUNDC2、IGFBP7、IGKV3-15、SERPINE2、TRDMT1、RGS1、HMOX1、HSP90AB1、HSPA1A、LIME1、TUBB、MRPL10、IFI44L、COTL1、LBH、ZEB2、HMGB2、LDHA、LGALS3、CYLD、PXMP2、CD74、PPIH、CD8A、RFX2、KLRD1、KLF6、LINC02446、HTRA1、TUBA4A、HSPB1、DNAJA1、CD3D、DUSP2、ELL2、TPM1、CKS1B、LGALS1、BEX3、GLRX、CCL4、GBP5、PTPRC、CLK1、IRF4、PIM2、SAT1、CXCR3、ZFP36、CD24、PELI1、CKS2、GYPC、FOXN2、IGLV1-51、IFT46、IGLV1-41、PLA2G16、COMMD8、IPCEF1、SMPDL3B、EVL、EVI2B、RAB11FIP1、DUSP5、HAVCR2、UBC、CRIP1、SRPRB、SERPINA1、PCSK7、BCL2L11、HSPA6、CWC25、CORO1A、TPST2、MBNL2、CKB、TUBA1B、GABARAPL1、PXDC1、SEL1L、PPP1R8、FKBP4、GABARAPL2、JCHAIN、STK17B、ZWINT、CHMP1B、ID2、HERPUD1、ROCK1、SKAP1、S100A4、CXCL10、CASP3、APOC1、ARID5B、SMAP2、CSRNP1、ADIRF、HLA-DPA1、PPP1R15A、DMKN、SCAF4、MYL9、LYAR、ZBTB25、GADD45B、GCHFR、LINC01588、RAB20、LSP1、FCGR2B、HIST2H2AA4、NCF4、LCK、IGHV3-33、LAPTM5、TUBB4B、TPM2、RBM38、RBP4、CCNA2、SERTAD1、ITM2C、PLPP5、DNAJB9、SYNGR2、TUBB2A、ERLEC1、TMED9、IFI6、HSP90AA1、PTPN1、TTL、DKK1、TM2D3、DCAF11、RIC1、SERPING1、DERL3、KDELR3、GEM、KLF9、TYROBP、CERCAM、CCDC84、ODC1、CYP2C9、CFLAR、HLA-DMB、DUSP1、JSRP1、TRIB1、JUN、NFATC2、EMP3、SNRNP70、TMED5、ST8SIA4、IGLV3-1、ZNF394、TNFSF9、CTSW、CUL1、BACH1、RABL3、KPNA2、EPS8L3、IER5、HSPA1B、CADM1、MCL1、RNF19A、ITGA4、CD38、WIPI1、CENPK、HCLS1、SPICE1、HIST1H2BC、MPRIP、FOSB、SERPINB8、FAM126A、CEP55、ATXN1、VCL、SOCS1、PCNX1、SQOR、JUNB、C10orf90、LCP1、STRADB、CREB3L2、GNG7、CCNH、SNX2、IGSF1、CCNL1、FKBP11、DBF4、ICAM1、MAD2L1、TMEM176B、PAIP2B、CD79A、SRXN1、NOB1、IER2、HLA-DRA、ZFP36L1、MZB1、MAGEA4、JUND、CD8B、AARS、TXNDC15、AC016831.7、GNA15、ATM、TSC22D1、GZMK、RAC3、ZNF263、TNFAIP3、H1FX、FGG、FHL2、MBNL1、TMEM205、IGLV6-57、CD96、TUBA1C、UCHL1、PRDM1、SRPK2、NUP37、TMEM87A、THEMIS2、HSPA5、PCMT1、TUBA1A、IGHG1、ANKRD37、MEF2C、XRN1、POU2AF1、BCL6、INAFM1、ADH4、TGFB1I1、PBK、DCN、FCRL5、DNAJB4、HLA-DQA1、TBC1D23、TMEM39A、GCC2、TMEM192、IGHA1、PTHLH、MFAP5、GEMIN6、BIRC3、IGHV4-4、SLC6A6、CYP2R1、HLA-DRB1、PPP1R15B、HMCES、MYC、WISP2、CHN1、ILK、PXN-AS1、LINC01970、CRIP2、PCOLCE2、MTMR6、EDIL3、AGR2、MEF2B、PFKM、KIAA1671、GLIPR2、SSTR2、SERPINB9、HIST1H1E、PTTG1、WSB1、ERN1、Z93241.1、IGLV1-44、SDS、TLE1、NUPR1、IGLV1-47、ICAM2、NXF1、RSPO3、TCF4、AC243960.1、RARRES2、RMDN3、RBFOX2、SEC11C、OLMALINC、FADS2、ITPRIP、FOS、SFTPD、HAUS3、RNF43、HIST1H4C、TIGAR、BIK、ITGA1、TARSL2、AFP、SNORC、MKLN1、BTG2、KRT18、NOC2L、ZFP36L2、NFKBIA、RHOB、HMGA1、BRD3、IGHJ6、U62317.5、SLC2A3、AC034231.1、CLEC11A、EPCAM、SKI、PNOC、MIR155HG、C12orf75、SAMHD1、IGKV3D-15、ACTN1、GSTZ1、TUBB3、CAV1、OAT、COBLL1、SSR4、ACTA2、HBA1、FAM83D、PLA2G2A、RAB14、AC106791.1、RAB23、AC244090.1、KMT5A、SERPINB1、P3H2、XRCC1、AC106782.1、MAL2、EGR1、F8、PLIN2、SOWAHC、IGFBP6、NFKBIZ、XBP1、SLC25A51、IGHM、KCTD5、USP38、FCER1G、PHLDA1、BYSL、HLA-DRB5、RAPH1、DUSP23、FUOM、ISYNA1、TNK2、STAP2、SLC25A4、GALNT2、SGO2、FHL3、ALB、CYP20A1、TM4SF1、ADA、RRP9、DNAH14、BOLA2、BHLHE41、CCL20、AC005537.1、UBALD2、VGLL4、NUDT1、USP10、ADSSL1、PRSS23、FMC1、ARHGAP45、HSPA14-1、CREB5、RBM33、TMX4、ROCK2、ARSK、PALLD、FNDC3B、FOXA3、BATF、PTP4A3、CDC45、IGHV1-2、IMMP2L、STARD10、HIST2H2BF、MTG2、FBXO8、USP32、ADIPOR2、RRM2、DHODH、DDIT4、NFAT5、PPARG、YTHDF3-AS1、GNG4、CSPP1、UBE2S、ZNF473、TIMP1、CPQ、AOC2、H1F0、JRK、EXOSC9、AC012236.1、AC009403.1、C12orf65、AURKA、MYH9、IGKV4-1、IGHMBP2、JADE1、HIST1H3C、TTC39A、SGMS1、LBP、FRYL、DNAJB2、GNG11、HAGHL、ANXA6、MARS、ADD1、KDM4B、TMEM91、AC008915.2、CXCL14、DUSP14、GJB2、PGM1、ETS2、GNPDA1、COL18A1、KLF10、MT1A、TPX2、S100A2、MAP3K5、HIST1H2AE、SLC20A2、ITGB7、SCEL、RSRP1、AKR1B1、GINS1、ZNF296、ALKBH4、UBE2C、ANKRD36C、SULT2B1、SMC5、TSPYL2、TNS4、TIMP3、ID4、SDC1、COX18、CDC42EP2、SQLE、ZNRF1、AKR1B10、NDC80、GFPT2、MAP1B、HIST1H2AG、IDO1、RNF185、UHRF1BP1、ADORA2B、CALD1、PHLDA2、ADH6、TFAP2A、DLG1、MELK、CBWD3、RAB4B、KANSL1L、RCE1、HIST1H2AC、CDK1、TCIM、C17orf67、BRD4、LY6E-DT、SLC1A6、ARL13B、IRF1、DDX3X、RAB2B、MYBBP1A、ARFGAP1、BOP1、IGKV3D-7、KMT2E-AS1、DTNBP1、LAMC2、ATG4C、MYBL2、LRP10、PALMD、ZBTB4、SYTL2、SERPINH1、CD248、CNEP1R1、FURIN、IGLL5、MEST、MDK、NUP205、NRDE2、ECT2、TENT5A、TNKS1BP1、NFXL1、SLC35E3、ECE1、RASD1、SLC52A2、DCBLD2、CP、POLE、COL27A1、SBNO1、SLC7A6、HYKK、SLPI、CFHR1、SPDEF、DACT2、TUBGCP5、AREG、HIST1H2AJ、KIF2A、AL135925.1、NOTCH3、SLC11A1、HEXIM2、IGFBP1、TVP23A、NUDT14、SAMD11、MIR200CHG、PCLAF、SLC43A3、FAM30A、PHRF1、ADM、SIK2、NUSAP1、CFH、KRTCAP3、SPAG4、TPPP3、TSPAN4、AAK1、CST1、CLU、IFRD1、ASPHD2、CNN3、COL4A1、FGA、ANO6、SBSN、FGB、ATP9B、NLGN4Y、HP、EPS8、RNF111、LINC01285、MAOA、IGHV4-31、TNFRSF10D、GSR、IGHGP、TACSTD2、MT1F、RHCG、MUT、PI3、MT1M、LAMB3、MTRNR2L12、SLC35A2、DDX10、RARRES1、MTSS1、CLK2、RPN2、MED29、CYP1B1、TTTY14、DMXL1、AL139246.5、TAF1、DAAM1、MYO1E、MAFB、CDKN1A、F8A3、FABP5、CFB、HSP90B1、SGK3、HMG20B、CDCA5、CLDN4、SYNM、PAWR、TWNK、AC116049.2、RND3、ATP11A、PID1、MALAT1、TMEM168、TFF1、TFRC、RNASET2、SPINK13、PABPC1L、P4HA2、PRSS8、SPINT1、MSC、FMNL1、SLC8B1、UNC13D、SPINT2、DCP1A、NPTN、IGKV3D-11、G6PD、KRT6A、LYPD1、TESC、COL4A2、ELF3、BCAM、AC093323.1、IGHV1-69、LINC00511、PORCN、TPRG1-AS1、EFNB2、PARD6G-AS1、CD9、RGS16、IL6R、FZD3、GLYR1、B3GALT6、LRCH3、MAFK、LINC00491、MT1X、MUC6、PIK3R3、GBP4、PERP、LXN、ZBTB7A、WARS、AC020911.2、MAPK3、ALS2CL、MRE11、TSPAN17、IGHV4-34、IL33、ADAM9、ANGPTL4、TBC1D31、C1R、CTSC、SLC35A4、FST、SGO1、ANKRD36、IGHG3、SLC15A3、HES1、POLR1E、SLC7A5、CAPN12、IGFBP3、FBXO38、FLNA、CSKMT、OAS1、ULK1、PBX1、EXOC4、REEP6、HILPDA、ASF1B、FKBP1B、IL6、CALU、AKR1C1、KLF2、GRTP1、C1S、SMOX、CPLX2、LMNA、BSG、IGHG4、SVIL、HIST1H1B、GCH1、NEAT1、FN1、ESRP1、RFWD3、ADGRE2、SPINK6、HPD、CAVIN1、MT1E、CLDN10、C15orf48、CA9、NR4A1、PPP1R3B、SLC30A1、SLC7A11、VIRMA、NAA25、CCNB1、CFD、AP1G1、H6PD、PSCA、KCNK6、AL161431.1、DVL1、HIST1H2AM、RAB31、CDCA3、SPATA20、PRMT7、PTGR1、SERINC2、IGHG2、GFPT1、TTC22、BTBD1、HIST1H4H、CENPB、ZNF598、GPATCH2L、SPTLC3、CXCL2、CYP24A1、EZH2、GPX2、LMNB2、PTGES、MGLL、NR2F2、KRT19、DNTTIP1、MUC5AC、SDCBP2、IL1R2、AHNAK2、MUC16、AC023090.1、CPE、VNN1、BAMBI、NPW、TK1、IGKV3D-20、ANKRD11、CDC20、CDH1、STK11、IGKC、SLC45A4、TBC1D8、CSTA、AC233755.1、MIGA1、HIST1H2AL、AKAP12、MAP4K4、HOOK2、GGA3、COL7A1、NOS1、ARHGAP26、AKR1C2、TGM2、CENPF、IGHV3-48、CDCA8、TSC2、STC2、PKN3、PVR、CES1、GPRC5A、SEZ6L2、CEP170B、KIF14、IER3、ALDH3B1、TOP2A、SPP1、TXNRD1、LENG8、TRIM15、ALDH3A1、RIMKLB、HECTD4、SMOC1、NEB、RMRP、IGFBP4、MT1G、SCRIB、ERO1A、SOX4、LMO7、RNPEPL1、PLK2、COL6A2、FLRT3、IGHV4-28、SCD、KRT7、PIEZO1、CXCL1、DAPK1、ID1、C3、CXCL3、IGKV3-20、GUCA2B、ITGA3、SFN、IGLV3-21、PLEC、POLR2A、AGRN、MUC1、SERPINB3、S100A8、LAMA5、COL6A1、ITGB4、S100P、SLURP2、MSLN、KRT17、及びMUC5Bから選択される1つ又は複数の遺伝子の発現値を含む、請求項1に記載の方法。
【請求項９】
gMDSCシグネチャーが、SERPINB1、SOD2、S100A8、CTSC、CCL18、CXCL2、PLAUR、NCF2、FPR1及びIL8から選択される1つ又は複数の遺伝子の発現値を含む、請求項1に記載の方法。
【請求項１０】
gMDSCシグネチャーが、SERPINB1、SOD2、S100A8、CTSC、CCL18、CXCL2、PLAUR、NCF2、FPR1、IL8、S100A9、TNFAIP3、CXCL1、BCL2A1、EMR2、LILRB3、SLC11A1、IL6、TREM1、CCL20、LYN、CXCL3、IL1B、IL1R2、AQP9、IL2RA、GPR97、OSM、CXCR1、FPR2、C19orf59、CXCR2、CXCL6、CXCL5、EMR3、MEFV、S100A12、CD300E、FCGR3B、PPBP、LILRA5、LILRA3及びCASP5から選択される1つ又は複数の遺伝子の発現値を含む、請求項1に記載の方法。
（【請求項１１】以降は省略されています）
発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、2023年10月31日に出願された米国仮特許出願第63/594,835号の優先権を主張し、その全内容は、参照により本明細書に組み込まれる。
続きを表示（約 31,000 文字）【背景技術】
【０００２】
チェックポイント阻害剤の使用は、今では、いくつかの適応症、例えば、非小細胞肺がんにおいて標準治療となっている。現在、がん免疫(IO)療法(チェックポイント阻害剤を含む)を処方するために臨床において使用されているバイオマーカーは、PD-L1タンパク質レベル(高価な、時間のかかる免疫組織化学的染色法によって測定されることが多い)及び腫瘍遺伝子変異量(TMB)の2つのみである。しかし、これらのバイオマーカーの各々には不都合点がある。例えば、PD-L1レベルは、常にIOに対する患者の応答を予測するものではなく、TMBは、最終ラインの療法で患者にIO療法を処方することについて現在唯一承認されている。したがって、これらの方法を補完し、臨床上の意思決定を補助する、例えば、IO療法経過の管理を医師へ伝えるための診断薬、バイオマーカー及び/又はツールに対する満たされていない要求がある。特に、IO療法に応答する可能性が高い任意の種類のがんを有する対象を検出する方法に対して満たされない要求がある。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００３】
米国特許出願第16/789,288号
米国特許公開第2020/0258601号
【非特許文献】
【０００４】
Rizvi H, Sanchez-Vega F, La K, et al. Molecular Determinants of Response to Anti-Programmed Cell Death (PD)-1 and Anti-Programmed Death-Ligand 1 (PD-L1) Blockade in Patients With Non-Small-Cell Lung Cancer Profiled With Targeted Next-Generation Sequencing. J Clin Oncol. 2018;36(7):633-641
McGrail DJ, Pilie PG, Rashid NU, et al. High tumor mutation burden fails to predict immune checkpoint blockade response across all cancer types. Ann Oncol. 2021;32(5):661-672
Camila Braganca Xavier et al., Association between tumor mutational burden (TMB) and mutational profile and its effect on overall survival: A post hoc analysis of patients with TMB-high and TMB-low metastatic cancer treated with immune checkpoint inhibitors (ICI). JCO 40, 2632-2632(2022). DOI:10.1200/JCO.2022.40.16_suppl.2632
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【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００５】
がん免疫療法に応答する可能性が高い対象を選択するためのシステム、方法及び組成物が本明細書で開示される。
【課題を解決するための手段】
【０００６】
本開示の一態様では、がん免疫(IO)療法を用いる処置について対象を選択する方法であって、対象ががんの処置を必要としている、方法が提供される。一部の実施形態では、方法は、1つ又は複数のプロセッサと、1つ又は複数のプロセッサによる実行のための1つ又は複数のプログラムを記憶するメモリーとを有するコンピュータシステムで、1つ又は複数のプロセッサによって、がんの試料からのシーケンシングデータから導き出された1つ又は複数のモデル構成成分を、1つ又は複数の機械学習アルゴリズム(MLA)に適用する工程であって、シーケンシングデータが、RNAシーケンシングデータ及びDNAシーケンシングデータを含み、1つ又は複数のモデル構成成分が、腫瘍遺伝子変異量(TMB)、チェックポイント関連遺伝子シグネチャー、免疫疲弊シグネチャー、顆粒球性骨髄由来サプレッサー細胞(gMDSC)シグネチャー及びがん免疫シグネチャーを含む、工程;レポートを表示する工程であって、レポートが、対象ががん免疫療法について選択されることを指し示すものを含む、工程を含む。一部の実施形態では、対象は、PD-L1低、PD-L1中間であるがんを有する、又は低い腫瘍遺伝子変異量を有する。一部の実施形態では、1つ又は複数の機械学習アルゴリズム(MLA)は、がんと診断された対象のコホートからのトレーニングデータでトレーニングされる。一部の実施形態では、1つ又は複数のMLAは、変分オートエンコーダ、加速失敗時間モデル、パラメトリック生存モデル、Cox比例ハザードモデル、ランダムフォレストモデル、勾配ブースティング生存モデル、線形モデル、リカレントニューラルネットワーク、トランスフォーマーニューラルネットワーク又は畳み込みニューラルネットワークを含む。一部の実施形態では、チェックポイント関連遺伝子シグネチャーは、CD274、SPP1、CXCL9、CD74、CD276、IDO1、PDCD1LG2及びTNFRSF5から選択される1つ又は複数の遺伝子の発現値を含む。一部の実施形態では、チェックポイント関連遺伝子シグネチャーは、CD274、SPP1、CXCL9、CD74、CD276、IDO1、PDCD1LG2及びTNFRSF5の発現値を含む。一部の実施形態では、免疫疲弊シグネチャーは、以下の遺伝子TMSB4X、CCL5、TSC22D3、CYTOR、CXCL13、TXNIP、PTPRCAP、RGCC、IGLC3、CYTIP、IGHV1-69D、CXCR4、HMGN2、HSPD1、NEU1、TPD52、GZMB、PIM1、SRGN、BST2、PDE4B、HSPA8、PRF1、CD7及びSLC38A5の発現値を含む。一部の実施形態では、免疫疲弊シグネチャーは、TMSB4X、CCL5、TSC22D3、CYTOR、CXCL13、TXNIP、PTPRCAP、RGCC、IGLC3、CYTIP、IGHV1-69D、CXCR4、HMGN2、HSPD1、NEU1、TPD52、GZMB、PIM1、SRGN、BST2、PDE4B、HSPA8、PRF1、CD7、SLC38A5、TIFA、DOK2、PPP1R2、DMAC1、DNAJB1、TAGAP、GZMA、CD27、GADD45A、HSPH1、STMN1、GZMH、CLIC3、GLIPR1、CHORDC1、CD3E、CD69、BAG3、ATF3、MICB、TRBC2、EZR、ARHGDIB、CASC8、ITM2A、DDX24、CD52、RAC2、TERF2IP、ELF1、FAM96B、GGH、NKG7、LY6E、CITED2、ZFAND2A、SAMSN1、CST7、CDKN3、TCEAL3、BBC3、IL32、MBD4、DNAJA4、TMEM141、UBB、HCST、IGLV1-40、HOPX、RHOH、USB1、H2AFZ、CSRP1、IKZF1、RGS2、IGLC2、CCND2、SELPLG、FUNDC2、IGFBP7、IGKV3-15、SERPINE2、TRDMT1、RGS1、HMOX1、HSP90AB1、HSPA1A、LIME1、TUBB、MRPL10、IFI44L、COTL1、LBH、ZEB2、HMGB2、LDHA、LGALS3、CYLD、PXMP2、CD74、PPIH、CD8A、RFX2、KLRD1、KLF6、LINC02446、HTRA1、TUBA4A、HSPB1、DNAJA1、CD3D、DUSP2、ELL2、TPM1、CKS1B、LGALS1、BEX3、GLRX、CCL4、GBP5、PTPRC、CLK1、IRF4、PIM2、SAT1、CXCR3、ZFP36、CD24、PELI1、CKS2、GYPC、FOXN2、IGLV1-51、IFT46、IGLV1-41、PLA2G16、COMMD8、IPCEF1、SMPDL3B、EVL、EVI2B、RAB11FIP1、DUSP5、HAVCR2、UBC、CRIP1、SRPRB、SERPINA1、PCSK7、BCL2L11、HSPA6、CWC25、CORO1A、TPST2、MBNL2、CKB、TUBA1B、GABARAPL1、PXDC1、SEL1L、PPP1R8、FKBP4、GABARAPL2、JCHAIN、STK17B、ZWINT、CHMP1B、ID2、HERPUD1、ROCK1、SKAP1、S100A4、CXCL10、CASP3、APOC1、ARID5B、SMAP2、CSRNP1、ADIRF、HLA-DPA1、PPP1R15A、DMKN、SCAF4、MYL9、LYAR、ZBTB25、GADD45B、GCHFR、LINC01588、RAB20、LSP1、FCGR2B、HIST2H2AA4、NCF4、LCK、IGHV3-33、LAPTM5、TUBB4B、TPM2、RBM38、RBP4、CCNA2、SERTAD1、ITM2C、PLPP5、DNAJB9、SYNGR2、TUBB2A、ERLEC1、TMED9、IFI6、HSP90AA1、PTPN1、TTL、DKK1、TM2D3、DCAF11、RIC1、SERPING1、DERL3、KDELR3、GEM、KLF9、TYROBP、CERCAM、CCDC84、ODC1、CYP2C9、CFLAR、HLA-DMB、DUSP1、JSRP1、TRIB1、JUN、NFATC2、EMP3、SNRNP70、TMED5、ST8SIA4、IGLV3-1、ZNF394、TNFSF9、CTSW、CUL1、BACH1、RABL3、KPNA2、EPS8L3、IER5、HSPA1B、CADM1、MCL1、RNF19A、ITGA4、CD38、WIPI1、CENPK、HCLS1、SPICE1、HIST1H2BC、MPRIP、FOSB、SERPINB8、FAM126A、CEP55、ATXN1、VCL、SOCS1、PCNX1、SQOR、JUNB、C10orf90、LCP1、STRADB、CREB3L2、GNG7、CCNH、SNX2、IGSF1、CCNL1、FKBP11、DBF4、ICAM1、MAD2L1、TMEM176B、PAIP2B、CD79A、SRXN1、NOB1、IER2、HLA-DRA、ZFP36L1、MZB1、MAGEA4、JUND、CD8B、AARS、TXNDC15、AC016831.7、GNA15、ATM、TSC22D1、GZMK、RAC3、ZNF263、TNFAIP3、H1FX、FGG、FHL2、MBNL1、TMEM205、IGLV6-57、CD96、TUBA1C、UCHL1、PRDM1、SRPK2、NUP37、TMEM87A、THEMIS2、HSPA5、PCMT1、TUBA1A、IGHG1、ANKRD37、MEF2C、XRN1、POU2AF1、BCL6、INAFM1、ADH4、TGFB1I1、PBK、DCN、FCRL5、DNAJB4、HLA-DQA1、TBC1D23、TMEM39A、GCC2、TMEM192、IGHA1、PTHLH、MFAP5、GEMIN6、BIRC3、IGHV4-4、SLC6A6、CYP2R1、HLA-DRB1、PPP1R15B、HMCES、MYC、WISP2、CHN1、ILK、PXN-AS1、LINC01970、CRIP2、PCOLCE2、MTMR6、EDIL3、AGR2、MEF2B、PFKM、KIAA1671、GLIPR2、SSTR2、SERPINB9、HIST1H1E、PTTG1、WSB1、ERN1、Z93241.1、IGLV1-44、SDS、TLE1、NUPR1、IGLV1-47、ICAM2、NXF1、RSPO3、TCF4、AC243960.1、RARRES2、RMDN3、RBFOX2、SEC11C、OLMALINC、FADS2、ITPRIP、FOS、SFTPD、HAUS3、RNF43、HIST1H4C、TIGAR、BIK、ITGA1、TARSL2、AFP、SNORC、MKLN1、BTG2、KRT18、NOC2L、ZFP36L2、NFKBIA、RHOB、HMGA1、BRD3、IGHJ6、U62317.5、SLC2A3、AC034231.1、CLEC11A、EPCAM、SKI、PNOC、MIR155HG、C12orf75、SAMHD1、IGKV3D-15、ACTN1、GSTZ1、TUBB3、CAV1、OAT、COBLL1、SSR4、ACTA2、HBA1、FAM83D、PLA2G2A、RAB14、AC106791.1、RAB23、AC244090.1、KMT5A、SERPINB1、P3H2、XRCC1、AC106782.1、MAL2、EGR1、F8、PLIN2、SOWAHC、IGFBP6、NFKBIZ、XBP1、SLC25A51、IGHM、KCTD5、USP38、FCER1G、PHLDA1、BYSL、HLA-DRB5、RAPH1、DUSP23、FUOM、ISYNA1、TNK2、STAP2、SLC25A4、GALNT2、SGO2、FHL3、ALB、CYP20A1、TM4SF1、ADA、RRP9、DNAH14、BOLA2、BHLHE41、CCL20、AC005537.1、UBALD2、VGLL4、NUDT1、USP10、ADSSL1、PRSS23、FMC1、ARHGAP45、HSPA14-1、CREB5、RBM33、TMX4、ROCK2、ARSK、PALLD、FNDC3B、FOXA3、BATF、PTP4A3、CDC45、IGHV1-2、IMMP2L、STARD10、HIST2H2BF、MTG2、FBXO8、USP32、ADIPOR2、RRM2、DHODH、DDIT4、NFAT5、PPARG、YTHDF3-AS1、GNG4、CSPP1、UBE2S、ZNF473、TIMP1、CPQ、AOC2、H1F0、JRK、EXOSC9、AC012236.1、AC009403.1、C12orf65、AURKA、MYH9、IGKV4-1、IGHMBP2、JADE1、HIST1H3C、TTC39A、SGMS1、LBP、FRYL、DNAJB2、GNG11、HAGHL、ANXA6、MARS、ADD1、KDM4B、TMEM91、AC008915.2、CXCL14、DUSP14、GJB2、PGM1、ETS2、GNPDA1、COL18A1、KLF10、MT1A、TPX2、S100A2、MAP3K5、HIST1H2AE、SLC20A2、ITGB7、SCEL、RSRP1、AKR1B1、GINS1、ZNF296、ALKBH4、UBE2C、ANKRD36C、SULT2B1、SMC5、TSPYL2、TNS4、TIMP3、ID4、SDC1、COX18、CDC42EP2、SQLE、ZNRF1、AKR1B10、NDC80、GFPT2、MAP1B、HIST1H2AG、IDO1、RNF185、UHRF1BP1、ADORA2B、CALD1、PHLDA2、ADH6、TFAP2A、DLG1、MELK、CBWD3、RAB4B、KANSL1L、RCE1、HIST1H2AC、CDK1、TCIM、C17orf67、BRD4、LY6E-DT、SLC1A6、ARL13B、IRF1、DDX3X、RAB2B、MYBBP1A、ARFGAP1、BOP1、IGKV3D-7、KMT2E-AS1、DTNBP1、LAMC2、ATG4C、MYBL2、LRP10、PALMD、ZBTB4、SYTL2、SERPINH1、CD248、CNEP1R1、FURIN、IGLL5、MEST、MDK、NUP205、NRDE2、ECT2、TENT5A、TNKS1BP1、NFXL1、SLC35E3、ECE1、RASD1、SLC52A2、DCBLD2、CP、POLE、COL27A1、SBNO1、SLC7A6、HYKK、SLPI、CFHR1、SPDEF、DACT2、TUBGCP5、AREG、HIST1H2AJ、KIF2A、AL135925.1、NOTCH3、SLC11A1、HEXIM2、IGFBP1、TVP23A、NUDT14、SAMD11、MIR200CHG、PCLAF、SLC43A3、FAM30A、PHRF1、ADM、SIK2、NUSAP1、CFH、KRTCAP3、SPAG4、TPPP3、TSPAN4、AAK1、CST1、CLU、IFRD1、ASPHD2、CNN3、COL4A1、FGA、ANO6、SBSN、FGB、ATP9B、NLGN4Y、HP、EPS8、RNF111、LINC01285、MAOA、IGHV4-31、TNFRSF10D、GSR、IGHGP、TACSTD2、MT1F、RHCG、MUT、PI3、MT1M、LAMB3、MTRNR2L12、SLC35A2、DDX10、RARRES1、MTSS1、CLK2、RPN2、MED29、CYP1B1、TTTY14、DMXL1、AL139246.5、TAF1、DAAM1、MYO1E、MAFB、CDKN1A、F8A3、FABP5、CFB、HSP90B1、SGK3、HMG20B、CDCA5、CLDN4、SYNM、PAWR、TWNK、AC116049.2、RND3、ATP11A、PID1、MALAT1、TMEM168、TFF1、TFRC、RNASET2、SPINK13、PABPC1L、P4HA2、PRSS8、SPINT1、MSC、FMNL1、SLC8B1、UNC13D、SPINT2、DCP1A、NPTN、IGKV3D-11、G6PD、KRT6A、LYPD1、TESC、COL4A2、ELF3、BCAM、AC093323.1、IGHV1-69、LINC00511、PORCN、TPRG1-AS1、EFNB2、PARD6G-AS1、CD9、RGS16、IL6R、FZD3、GLYR1、B3GALT6、LRCH3、MAFK、LINC00491、MT1X、MUC6、PIK3R3、GBP4、PERP、LXN、ZBTB7A、WARS、AC020911.2、MAPK3、ALS2CL、MRE11、TSPAN17、IGHV4-34、IL33、ADAM9、ANGPTL4、TBC1D31、C1R、CTSC、SLC35A4、FST、SGO1、ANKRD36、IGHG3、SLC15A3、HES1、POLR1E、SLC7A5、CAPN12、IGFBP3、FBXO38、FLNA、CSKMT、OAS1、ULK1、PBX1、EXOC4、REEP6、HILPDA、ASF1B、FKBP1B、IL6、CALU、AKR1C1、KLF2、GRTP1、C1S、SMOX、CPLX2、LMNA、BSG、IGHG4、SVIL、HIST1H1B、GCH1、NEAT1、FN1、ESRP1、RFWD3、ADGRE2、SPINK6、HPD、CAVIN1、MT1E、CLDN10、C15orf48、CA9、NR4A1、PPP1R3B、SLC30A1、SLC7A11、VIRMA、NAA25、CCNB1、CFD、AP1G1、H6PD、PSCA、KCNK6、AL161431.1、DVL1、HIST1H2AM、RAB31、CDCA3、SPATA20、PRMT7、PTGR1、SERINC2、IGHG2、GFPT1、TTC22、BTBD1、HIST1H4H、CENPB、ZNF598、GPATCH2L、SPTLC3、CXCL2、CYP24A1、EZH2、GPX2、LMNB2、PTGES、MGLL、NR2F2、KRT19、DNTTIP1、MUC5AC、SDCBP2、IL1R2、AHNAK2、MUC16、AC023090.1、CPE、VNN1、BAMBI、NPW、TK1、IGKV3D-20、ANKRD11、CDC20、CDH1、STK11、IGKC、SLC45A4、TBC1D8、CSTA、AC233755.1、MIGA1、HIST1H2AL、AKAP12、MAP4K4、HOOK2、GGA3、COL7A1、NOS1、ARHGAP26、AKR1C2、TGM2、CENPF、IGHV3-48、CDCA8、TSC2、STC2、PKN3、PVR、CES1、GPRC5A、SEZ6L2、CEP170B、KIF14、IER3、ALDH3B1、TOP2A、SPP1、TXNRD1、LENG8、TRIM15、ALDH3A1、RIMKLB、HECTD4、SMOC1、NEB、RMRP、IGFBP4、MT1G、SCRIB、ERO1A、SOX4、LMO7、RNPEPL1、PLK2、COL6A2、FLRT3、IGHV4-28、SCD、KRT7、PIEZO1、CXCL1、DAPK1、ID1、C3、CXCL3、IGKV3-20、GUCA2B、ITGA3、SFN、IGLV3-21、PLEC、POLR2A、AGRN、MUC1、SERPINB3、S100A8、LAMA5、COL6A1、ITGB4、S100P、SLURP2、MSLN、KRT17、及びMUC5Bから選択される1つ又は複数の遺伝子の発現値を含む。一部の実施形態では、gMDSCシグネチャーは、SERPINB1、SOD2、S100A8、CTSC、CCL18、CXCL2、PLAUR、NCF2、FPR1及びIL8から選択される1つ又は複数の遺伝子の発現値を含む。一部の実施形態では、gMDSCシグネチャーは、SERPINB1、SOD2、S100A8、CTSC、CCL18、CXCL2、PLAUR、NCF2、FPR1、IL8、S100A9、TNFAIP3、CXCL1、BCL2A1、EMR2、LILRB3、SLC11A1、IL6、TREM1、CCL20、LYN、CXCL3、IL1B、IL1R2、AQP9、IL2RA、GPR97、OSM、CXCR1、FPR2、C19orf59、CXCR2、CXCL6、CXCL5、EMR3、MEFV、S100A12、CD300E、FCGR3B、PPBP、LILRA5、LILRA3及びCASP5から選択される1つ又は複数の遺伝子の発現値を含む。一部の実施形態では、がん免疫(IO)シグネチャーは、GBP5、IL10RA、NLRC5、CXCL9、RAC2、GBP4、GLUL、IRF1、CD53、CIITA、S100B、GBP2、ITK、SLAMF7、IKZF3、DOCK2、SELL、ARHGAP9、CYTIP、IL2RB、NCKAP1L、APOD、CD96、IL7R及びZAP70から選択される1つ又は複数の遺伝子の発現値を含む。一部の実施形態では、がん免疫(IO)シグネチャーは、ISG20、PCDHGA2、TGF
B1I1、ATP8B1、IL7R、IRF8、ETV1、MYLK、GRHL2、THBS4、CYP3A5、FBLIM1、S100B、BICD1、SLAMF7、RAB27A、GATM、ICA1、ITPR1、SLC7A2、ZAP70、LOXL4、CILP、ARHGAP30、ITGB2、KLF5、PRKCA、PCDH7、DPYSL3、RGS2、SPP1、COLGALT2、MPZL2、TNFAIP8、PLAT、ALDH1A3、POF1B、PPP1R9A、SEMA3A、CIITA、DLC1、ARHGAP9、FRAS1、AKAP6、ATP1A2、TTN、LTBP1、NCKAP1L、MAP3K6、MYO1B、MRVI1、FSCN1、GPC1、GBP5、BAMBI、IL2RB、MYO1G、RANBP17、APOD、RASGRP1、CYTIP、ITGA7、CYTH4、PTPRF、KIAA1755、IRF1、GPR37、RAC2、NLRC5、EGFR、ITK、IL10RA、IGFBP2、CD96、RASD1、CD36、TMEM163、IGLL5、IKZF3、PRLR、CDC42BPG、DOCK2、PAM、VEGFA、CD84、SORL1、GBP2、SYTL4、APBB1IP、SIGLEC10、GBP4、COMP、DOCK8、CXCL9、NRP1、EPHB4、CD53、GLUL、DNM1、DSP、SIX4、SELL、DSC3、TNFAIP2、及びJAG2から選択される1つ又は複数の遺伝子の発現値を含む。一部の実施形態では、TMBは、DNAシーケンシングデータから導き出される。一部の実施形態では、チェックポイント関連遺伝子シグネチャー、免疫疲弊シグネチャー及び顆粒球性骨髄由来サプレッサー細胞(gMDSC)シグネチャーの発現値は、RNA seqデータから導き出される。一部の実施形態では、IO療法は、免疫チェックポイント阻害剤療法(ICI)である。一部の実施形態では、ICIは、ペムブロリズマブ又はニボルマブを含む。一部の実施形態では、レポートは、免疫プロファイルスコア(IPS)を更に含む。一部の実施形態では、IPSは、1～100の整数として表示される。一部の実施形態では、IPSは、カテゴリーに更に分けられるか、又はカテゴリー的結果である。一部の実施形態では、カテゴリーは、IPS-低、不確定及びIPS-高である。
【０００７】
本開示の一態様では、がん免疫(IO)療法を用いる処置について対象を選択するシステムであって、対象ががんの処置を必要としている、システムが提供される。一部の実施形態では、システムは、1つ又は複数のプロセッサと、1つ又は複数のプロセッサによる実行のための1つ又は複数のプログラムを記憶するメモリーとを有するコンピュータシステムを含み、1つ又は複数のプロセッサは、1つ又は複数のプロセッサによって、がんの試料からのシーケンシングデータから導き出された1つ又は複数のモデル構成成分を、1つ又は複数の機械学習アルゴリズム(MLA)に適用する工程であって、シーケンシングデータが、RNAシーケンシングデータ及びDNAシーケンシングデータを含み、1つ又は複数のモデル構成成分が、腫瘍遺伝子変異量(TMB)、チェックポイント関連遺伝子シグネチャー、免疫疲弊シグネチャー、顆粒球性骨髄由来サプレッサー細胞(gMDSC)シグネチャー及びがん免疫シグネチャーを含む、工程、レポートを表示する工程であって、レポートが、対象ががん免疫療法について選択されることを指し示すものを含む、工程を行うように構成される。一部の実施形態では、対象は、PD-L1低、PD-L1中間であるがんを有する、又は低い腫瘍遺伝子変異量を有する。一部の実施形態では、1つ又は複数の機械学習アルゴリズム(MLA)は、がんと診断された対象のコホートからのトレーニングデータでトレーニングされる。一部の実施形態では、1つ又は複数のMLAは、変分オートエンコーダ、加速失敗時間モデル、パラメトリック生存モデル、Cox比例ハザードモデル、ランダムフォレストモデル、勾配ブースティング生存モデル、線形モデル、リカレントニューラルネットワーク、トランスフォーマーニューラルネットワーク又は畳み込みニューラルネットワークを含む。一部の実施形態では、チェックポイント関連遺伝子シグネチャーは、CD274、SPP1、CXCL9、CD74、CD276、IDO1、PDCD1LG2及びTNFRSF5から選択される1つ又は複数の遺伝子の発現値を含む。一部の実施形態では、チェックポイント関連遺伝子シグネチャーは、CD274、SPP1、CXCL9、CD74、CD276、IDO1、PDCD1LG2及びTNFRSF5の発現値を含む。一部の実施形態では、免疫疲弊シグネチャーは、以下の遺伝子TMSB4X、CCL5、TSC22D3、CYTOR、CXCL13、TXNIP、PTPRCAP、RGCC、IGLC3、CYTIP、IGHV1-69D、CXCR4、HMGN2、HSPD1、NEU1、TPD52、GZMB、PIM1、SRGN、BST2、PDE4B、HSPA8、PRF1、CD7及びSLC38A5の発現値を含む。一部の実施形態では、免疫疲弊シグネチャーは、TMSB4X、CCL5、TSC22D3、CYTOR、CXCL13、TXNIP、PTPRCAP、RGCC、IGLC3、CYTIP、IGHV1-69D、CXCR4、HMGN2、HSPD1、NEU1、TPD52、GZMB、PIM1、SRGN、BST2、PDE4B、HSPA8、PRF1、CD7、SLC38A5、TIFA、DOK2、PPP1R2、DMAC1、DNAJB1、TAGAP、GZMA、CD27、GADD45A、HSPH1、STMN1、GZMH、CLIC3、GLIPR1、CHORDC1、CD3E、CD69、BAG3、ATF3、MICB、TRBC2、EZR、ARHGDIB、CASC8、ITM2A、DDX24、CD52、RAC2、TERF2IP、ELF1、FAM96B、GGH、NKG7、LY6E、CITED2、ZFAND2A、SAMSN1、CST7、CDKN3、TCEAL3、BBC3、IL32、MBD4、DNAJA4、TMEM141、UBB、HCST、IGLV1-40、HOPX、RHOH、USB1、H2AFZ、CSRP1、IKZF1、RGS2、IGLC2、CCND2、SELPLG、FUNDC2、IGFBP7、IGKV3-15、SERPINE2、TRDMT1、RGS1、HMOX1、HSP90AB1、HSPA1A、LIME1、TUBB、MRPL10、IFI44L、COTL1、LBH、ZEB2、HMGB2、LDHA、LGALS3、CYLD、PXMP2、CD74、PPIH、CD8A、RFX2、KLRD1、KLF6、LINC02446、HTRA1、TUBA4A、HSPB1、DNAJA1、CD3D、DUSP2、ELL2、TPM1、CKS1B、LGALS1、BEX3、GLRX、CCL4、GBP5、PTPRC、CLK1、IRF4、PIM2、SAT1、CXCR3、ZFP36、CD24、PELI1、CKS2、GYPC、FOXN2、IGLV1-51、IFT46、IGLV1-41、PLA2G16、COMMD8、IPCEF1、SMPDL3B、EVL、EVI2B、RAB11FIP1、DUSP5、HAVCR2、UBC、CRIP1、SRPRB、SERPINA1、PCSK7、BCL2L11、HSPA6、CWC25、CORO1A、TPST2、MBNL2、CKB、TUBA1B、GABARAPL1、PXDC1、SEL1L、PPP1R8、FKBP4、GABARAPL2、JCHAIN、STK17B、ZWINT、CHMP1B、ID2、HERPUD1、ROCK1、SKAP1、S100A4、CXCL10、CASP3、APOC1、ARID5B、SMAP2、CSRNP1、ADIRF、HLA-DPA1、PPP1R15A、DMKN、SCAF4、MYL9、LYAR、ZBTB25、GADD45B、GCHFR、LINC01588、RAB20、LSP1、FCGR2B、HIST2H2AA4、NCF4、LCK、IGHV3-33、LAPTM5、TUBB4B、TPM2、RBM38、RBP4、CCNA2、SERTAD1、ITM2C、PLPP5、DNAJB9、SYNGR2、TUBB2A、ERLEC1、TMED9、IFI6、HSP90AA1、PTPN1、TTL、DKK1、TM2D3、DCAF11、RIC1、SERPING1、DERL3、KDELR3、GEM、KLF9、TYROBP、CERCAM、CCDC84、ODC1、CYP2C9、CFLAR、HLA-DMB、DUSP1、JSRP1、TRIB1、JUN、NFATC2、EMP3、SNRNP70、TMED5、ST8SIA4、IGLV3-1、ZNF394、TNFSF9、CTSW、CUL1、BACH1、RABL3、KPNA2、EPS8L3、IER5、HSPA1B、CADM1、MCL1、RNF19A、ITGA4、CD38、WIPI1、CENPK、HCLS1、SPICE1、HIST1H2BC、MPRIP、FOSB、SERPINB8、FAM126A、CEP55、ATXN1、VCL、SOCS1、PCNX1、SQOR、JUNB、C10orf90、LCP1、STRADB、CREB3L2、GNG7、CCNH、SNX2、IGSF1、CCNL1、FKBP11、DBF4、ICAM1、MAD2L1、TMEM176B、PAIP2B、CD79A、SRXN1、NOB1、IER2、HLA-DRA、ZFP36L1、MZB1、MAGEA4、JUND、CD8B、AARS、TXNDC15、AC016831.7、GNA15、ATM、TSC22D1、GZMK、RAC3、ZNF263、TNFAIP3、H1FX、FGG、FHL2、MBNL1、TMEM205、IGLV6-57、CD96、TUBA1C、UCHL1、PRDM1、SRPK2、NUP37、TMEM87A、THEMIS2、HSPA5、PCMT1、TUBA1A、IGHG1、ANKRD37、MEF2C、XRN1、POU2AF1、BCL6、INAFM1、ADH4、TGFB1I1、PBK、DCN、FCRL5、DNAJB4、HLA-DQA1、TBC1D23、TMEM39A、GCC2、TMEM192、IGHA1、PTHLH、MFAP5、GEMIN6、BIRC3、IGHV4-4、SLC6A6、CYP2R1、HLA-DRB1、PPP1R15B、HMCES、MYC、WISP2、CHN1、ILK、PXN-AS1、LINC01970、CRIP2、PCOLCE2、MTMR6、EDIL3、AGR2、MEF2B、PFKM、KIAA1671、GLIPR2、SSTR2、SERPINB9、HIST1H1E、PTTG1、WSB1、ERN1、Z93241.1、IGLV1-44、SDS、TLE1、NUPR1、IGLV1-47、ICAM2、NXF1、RSPO3、TCF4、AC243960.1、RARRES2、RMDN3、RBFOX2、SEC11C、OLMALINC、FADS2、ITPRIP、FOS、SFTPD、HAUS3、RNF43、HIST1H4C、TIGAR、BIK、ITGA1、TARSL2、AFP、SNORC、MKLN1、BTG2、KRT18、NOC2L、ZFP36L2、NFKBIA、RHOB、HMGA1、BRD3、IGHJ6、U62317.5、SLC2A3、AC034231.1、CLEC11A、EPCAM、SKI、PNOC、MIR155HG、C12orf75、SAMHD1、IGKV3D-15、ACTN1、GSTZ1、TUBB3、CAV1、OAT、COBLL1、SSR4、ACTA2、HBA1、FAM83D、PLA2G2A、RAB14、AC106791.1、RAB23、AC244090.1、KMT5A、SERPINB1、P3H2、XRCC1、AC106782.1、MAL2、EGR1、F8、PLIN2、SOWAHC、IGFBP6、NFKBIZ、XBP1、SLC25A51、IGHM、KCTD5、USP38、FCER1G、PHLDA1、BYSL、HLA-DRB5、RAPH1、DUSP23、FUOM、ISYNA1、TNK2、STAP2、SLC25A4、GALNT2、SGO2、FHL3、ALB、CYP20A1、TM4SF1、ADA、RRP9、DNAH14、BOLA2、BHLHE41、CCL20、AC005537.1、UBALD2、VGLL4、NUDT1、USP10、ADSSL1、PRSS23、FMC1、ARHGAP45、HSPA14-1、CREB5、RBM33、TMX4、ROCK2、ARSK、PALLD、FNDC3B、FOXA3、BATF、PTP4A3、CDC45、IGHV1-2、IMMP2L、STARD10、HIST2H2BF、MTG2、FBXO8、USP32、ADIPOR2、RRM2、DHODH、DDIT4、NFAT5、PPARG、YTHDF3-AS1、GNG4、CSPP1、UBE2S、ZNF473、TIMP1、CPQ、AOC2、H1F0、JRK、EXOSC9、AC012236.1、AC009403.1、C12orf65、AURKA、MYH9、IGKV4-1、IGHMBP2、JADE1、HIST1H3C、TTC39A、SGMS1、LBP、FRYL、DNAJB2、GNG11、HAGHL、ANXA6、MARS、ADD1、KDM4B、TMEM91、AC008915.2、CXCL14、DUSP14、GJB2、PGM1、ETS2、GNPDA1、COL18A1、KLF10、MT1A、TPX2、S100A2、MAP3K5、HIST1H2AE、SLC20A2、ITGB7、SCEL、RSRP1、AKR1B1、GINS1、ZNF296、ALKBH4、UBE2C、ANKRD36C、SULT2B1、SMC5、TSPYL2、TNS4、TIMP3、ID4、SDC1、COX18、CDC42EP2、SQLE、ZNRF1、AKR1B10、NDC80、GFPT2、MAP1B、HIST1H2AG、IDO1、RNF185、UHRF1BP1、ADORA2B、CALD1、PHLDA2、ADH6、TFAP2A、DLG1、MELK、CBWD3、RAB4B、KANSL1L、RCE1、HIST1H2AC、CDK1、TCIM、C17orf67、BRD4、LY6E-DT、SLC1A6、ARL13B、IRF1、DDX3X、RAB2B、MYBBP1A、ARFGAP1、BOP1、IGKV3D-7、KMT2E-AS1、DTNBP1、LAMC2、ATG4C、MYBL2、LRP10、PALMD、ZBTB4、SYTL2、SERPINH1、CD248、CNEP1R1、FURIN、IGLL5、MEST、MDK、NUP205、NRDE2、ECT2、TENT5A、TNKS1BP1、NFXL1、SLC35E3、ECE1、RASD1、SLC52A2、DCBLD2、CP、POLE、COL27A1、SBNO1、SLC7A6、HYKK、SLPI、CFHR1、SPDEF、DACT2、TUBGCP5、AREG、HIST1H2AJ、KIF2A、AL135925.1、NOTCH3、SLC11A1、HEXIM2、IGFBP1、TVP23A、NUDT14、SAMD11、MIR200CHG、PCLAF、SLC43A3、FAM30A、PHRF1、ADM、SIK2、NUSAP1、CFH、KRTCAP3、SPAG4、TPPP3、TSPAN4、AAK1、CST1、CLU、IFRD1、ASPHD2、CNN3、COL4A1、FGA、ANO6、SBSN、FGB、ATP9B、NLGN4Y、HP、EPS8、RNF111、LINC01285、MAOA、IGHV4-31、TNFRSF10D、GSR、IGHGP、TACSTD2、MT1F、RHCG、MUT、PI3、MT1M、LAMB3、MTRNR2L12、SLC35A2、DDX10、RARRES1、MTSS1、CLK2、RPN2、MED29、CYP1B1、TTTY14、DMXL1、AL139246.5、TAF1、DAAM1、MYO1E、MAFB、CDKN1A、F8A3、FABP5、CFB、HSP90B1、SGK3、HMG20B、CDCA5、CLDN4、SYNM、PAWR、TWNK、AC116049.2、RND3、ATP11A、PID1、MALAT1、TMEM168、TFF1、TFRC、RNASET2、SPINK13、PABPC1L、P4HA2、PRSS8、SPINT1、MSC、FMNL1、SLC8B1、UNC13D、SPINT2、DCP1A、NPTN、IGKV3D-11、G6PD、KRT6A、LYPD1、TESC、COL4A2、ELF3、BCAM、AC093323.1、IGHV1-69、LINC00511、PORCN、TPRG1-AS1、EFNB2、PARD6G-AS1、CD9、RGS16、IL6R、FZD3、GLYR1、B3GALT6、LRCH3、MAFK、LINC00491、MT1X、MUC6、PIK3R3、GBP4、PERP、LXN、ZBTB7A、WARS、AC020911.2、MAPK3、ALS2CL、MRE11、TSPAN17、IGHV4-34、IL33、ADAM9、ANGPTL4、TBC1D31、C1R、CTSC、SLC35A4、FST、SGO1、ANKRD36、IGHG3、SLC15A3、HES1、POLR1E、SLC7A5、CAPN12、IGFBP3、FBXO38、FLNA、CSKMT、OAS1、ULK1、PBX1、EXOC4、REEP6、HILPDA、ASF1B、FKBP1B、IL6、CALU、AKR1C1、KLF2、GRTP1、C1S、SMOX、CPLX2、LMNA、BSG、IGHG4、SVIL、HIST1H1B、GCH1、NEAT1、FN1、ESRP1、RFWD3、ADGRE2、SPINK6、HPD、CAVIN1、MT1E、CLDN10、C15orf48、CA9、NR4A1、PPP1R3B、SLC30A1、SLC7A11、VIRMA、NAA25、CCNB1、CFD、AP1G1、H6PD、PSCA、KCNK6、AL161431.1、DVL1、HIST1H2AM、RAB31、CDCA3、SPATA20、PRMT7、PTGR1、SERINC2、IGHG2、GFPT1、TTC22、BTBD1、HIST1H4H、CENPB、ZNF598、GPATCH2L、SPTLC3、CXCL2、CYP24A1、EZH2、GPX2、LMNB2、PTGES、MGLL、NR2F2、KRT19、DNTTIP1、MUC5AC、SDCBP2、IL1R2、AHNAK2、MUC16、AC023090.1、CPE、VNN1、BAMBI、NPW、TK1、IGKV3D-20、ANKRD11、CDC20、CDH1、STK11、IGKC、SLC45A4、TBC1D8、CSTA、AC233755.1、MIGA1、HIST1H2AL、AKAP12、MAP4K4、HOOK2、GGA3、COL7A1、NOS1、ARHGAP26、AKR1C2、TGM2、CENPF、IGHV3-48、CDCA8、TSC2、STC2、PKN3、PVR、CES1、GPRC5A、SEZ6L2、CEP170B、KIF14、IER3、ALDH3B1、TOP2A、SPP1、TXNRD1、LENG8、TRIM15、ALDH3A1、RIMKLB、HECTD4、SMOC1、NEB、RMRP、IGFBP4、MT1G、SCRIB、ERO1A、SOX4、LMO7、RNPEPL1、PLK2、COL6A2、FLRT3、IGHV4-28、SCD、KRT7、PIEZO1、CXCL1、DAPK1、ID1、C3、CXCL3、IGKV3-20、GUCA2B、ITGA3、SFN、IGLV3-21、PLEC、POLR2A、AGRN、MUC1、SERPINB3、S100A8、LAMA5、COL6A1、ITGB4、S100P、SLURP2、MSLN、KRT17、及びMUC5Bから選択される1つ又は複数の遺伝子の発現値を含む。一部の実施形態では、gMDSCシグネチャーは、SERPINB1、SOD2、S100A8、CTSC、CCL18、CXCL2、PLAUR、NCF2、FPR1及びIL8から選択される1つ又は複数の遺伝子の発現値を含む。一部の実施形態では、gMDSCシグネチャーは、SERPINB1、SOD2、S100A8、CTSC、CCL18、CXCL2、PLAUR、NCF2、FPR1、IL8、S100A9、TNFAIP3、CXCL1、BCL2A1、EMR2、LILRB3、SLC11A1、IL6、TREM1、CCL20、LYN、CXCL3、IL1B、IL1R2、AQP9、IL2RA、GPR97、OSM、CXCR1、FPR2、C19orf59、CXCR2、CXCL6、CXCL5、EMR3、MEFV、S100A12、CD300E、FCGR3B、PPBP、LILRA5、LILRA3及びCASP5から選択される1つ又は複数の遺伝子の発現値を含む。一部の実施形態では、がん免疫(IO)シグネチャーは、GBP5、IL10RA、NLRC5、CXCL9、RAC2、GBP4、GLUL、IRF1、CD53、CIITA、S100B、GBP2、ITK、SLAMF7、IKZF3、DOCK2、SELL、ARHGAP9、CYTIP、IL2RB、NCKAP1L、APOD、CD96、IL7R及びZAP70から選択される1つ又は複数の遺伝子の発現値を含む。一部の実
施形態では、がん免疫(IO)シグネチャーは、ISG20、PCDHGA2、TGFB1I1、ATP8B1、IL7R、IRF8、ETV1、MYLK、GRHL2、THBS4、CYP3A5、FBLIM1、S100B、BICD1、SLAMF7、RAB27A、GATM、ICA1、ITPR1、SLC7A2、ZAP70、LOXL4、CILP、ARHGAP30、ITGB2、KLF5、PRKCA、PCDH7、DPYSL3、RGS2、SPP1、COLGALT2、MPZL2、TNFAIP8、PLAT、ALDH1A3、POF1B、PPP1R9A、SEMA3A、CIITA、DLC1、ARHGAP9、FRAS1、AKAP6、ATP1A2、TTN、LTBP1、NCKAP1L、MAP3K6、MYO1B、MRVI1、FSCN1、GPC1、GBP5、BAMBI、IL2RB、MYO1G、RANBP17、APOD、RASGRP1、CYTIP、ITGA7、CYTH4、PTPRF、KIAA1755、IRF1、GPR37、RAC2、NLRC5、EGFR、ITK、IL10RA、IGFBP2、CD96、RASD1、CD36、TMEM163、IGLL5、IKZF3、PRLR、CDC42BPG、DOCK2、PAM、VEGFA、CD84、SORL1、GBP2、SYTL4、APBB1IP、SIGLEC10、GBP4、COMP、DOCK8、CXCL9、NRP1、EPHB4、CD53、GLUL、DNM1、DSP、SIX4、SELL、DSC3、TNFAIP2、及びJAG2から選択される1つ又は複数の遺伝子の発現値を含む。一部の実施形態では、TMBは、DNAシーケンシングデータから導き出される。一部の実施形態では、チェックポイント関連遺伝子シグネチャー、免疫疲弊シグネチャー及び顆粒球性骨髄由来サプレッサー細胞(gMDSC)シグネチャーの発現値は、RNA seqデータから導き出される。一部の実施形態では、IO療法は、免疫チェックポイント阻害剤療法(ICI)である。一部の実施形態では、ICIは、ペムブロリズマブ又はニボルマブを含む。一部の実施形態では、レポートは、免疫プロファイルスコア(IPS)を更に含む。一部の実施形態では、IPSは、1～100の整数として表示される。一部の実施形態では、IPSは、カテゴリーに更に分けられるか、又はカテゴリー的結果である。一部の実施形態では、カテゴリーは、IPS-低、不確定及びIPS-高である。
【０００８】
本開示の一態様では、がん免疫(IO)療法を用いる処置について対象を選択するための非一時的なコンピュータ可読媒体であって、対象ががんの処置を必要としている、非一時的なコンピュータ可読媒体が提供される。一部の実施形態では、非一時的なコンピュータ可読媒体は、プロセッサによって実行されると、プロセッサに、1つ又は複数のプロセッサによって、がんの試料からのシーケンシングデータから導き出された1つ又は複数のモデル構成成分を、1つ又は複数の機械学習アルゴリズム(MLA)に適用する工程であって、シーケンシングデータが、RNAシーケンシングデータ及びDNAシーケンシングデータを含み、1つ又は複数のモデル構成成分が、腫瘍遺伝子変異量(TMB)、チェックポイント関連遺伝子シグネチャー、免疫疲弊シグネチャー、顆粒球性骨髄由来サプレッサー細胞(gMDSC)シグネチャー及びがん免疫シグネチャーを含む、工程、レポートを表示する工程であって、レポートが、対象ががん免疫療法について選択されることを指し示すものを含む、工程を行わせるプログラムコード命令をそれに記憶している。一部の実施形態では、対象は、PD-L1低、PD-L1中間であるがんを有する、又は低い腫瘍遺伝子変異量を有する。一部の実施形態では、1つ又は複数の機械学習アルゴリズム(MLA)は、がんと診断された対象のコホートからのトレーニングデータでトレーニングされる。一部の実施形態では、1つ又は複数のMLAは、変分オートエンコーダ、加速失敗時間モデル、パラメトリック生存モデル、Cox比例ハザードモデル、ランダムフォレストモデル、勾配ブースティング生存モデル、線形モデル、リカレントニューラルネットワーク、トランスフォーマーニューラルネットワーク又は畳み込みニューラルネットワークを含む。一部の実施形態では、チェックポイント関連遺伝子シグネチャーは、CD274、SPP1、CXCL9、CD74、CD276、IDO1、PDCD1LG2及びTNFRSF5から選択される1つ又は複数の遺伝子の発現値を含む。一部の実施形態では、チェックポイント関連遺伝子シグネチャーは、CD274、SPP1、CXCL9、CD74、CD276、IDO1、PDCD1LG2及びTNFRSF5の発現値を含む。一部の実施形態では、免疫疲弊シグネチャーは、以下の遺伝子TMSB4X、CCL5、TSC22D3、CYTOR、CXCL13、TXNIP、PTPRCAP、RGCC、IGLC3、CYTIP、IGHV1-69D、CXCR4、HMGN2、HSPD1、NEU1、TPD52、GZMB、PIM1、SRGN、BST2、PDE4B、HSPA8、PRF1、CD7及びSLC38A5の発現値を含む。一部の実施形態では、免疫疲弊シグネチャーは、TMSB4X、CCL5、TSC22D3、CYTOR、CXCL13、TXNIP、PTPRCAP、RGCC、IGLC3、CYTIP、IGHV1-69D、CXCR4、HMGN2、HSPD1、NEU1、TPD52、GZMB、PIM1、SRGN、BST2、PDE4B、HSPA8、PRF1、CD7、SLC38A5、TIFA、DOK2、PPP1R2、DMAC1、DNAJB1、TAGAP、GZMA、CD27、GADD45A、HSPH1、STMN1、GZMH、CLIC3、GLIPR1、CHORDC1、CD3E、CD69、BAG3、ATF3、MICB、TRBC2、EZR、ARHGDIB、CASC8、ITM2A、DDX24、CD52、RAC2、TERF2IP、ELF1、FAM96B、GGH、NKG7、LY6E、CITED2、ZFAND2A、SAMSN1、CST7、CDKN3、TCEAL3、BBC3、IL32、MBD4、DNAJA4、TMEM141、UBB、HCST、IGLV1-40、HOPX、RHOH、USB1、H2AFZ、CSRP1、IKZF1、RGS2、IGLC2、CCND2、SELPLG、FUNDC2、IGFBP7、IGKV3-15、SERPINE2、TRDMT1、RGS1、HMOX1、HSP90AB1、HSPA1A、LIME1、TUBB、MRPL10、IFI44L、COTL1、LBH、ZEB2、HMGB2、LDHA、LGALS3、CYLD、PXMP2、CD74、PPIH、CD8A、RFX2、KLRD1、KLF6、LINC02446、HTRA1、TUBA4A、HSPB1、DNAJA1、CD3D、DUSP2、ELL2、TPM1、CKS1B、LGALS1、BEX3、GLRX、CCL4、GBP5、PTPRC、CLK1、IRF4、PIM2、SAT1、CXCR3、ZFP36、CD24、PELI1、CKS2、GYPC、FOXN2、IGLV1-51、IFT46、IGLV1-41、PLA2G16、COMMD8、IPCEF1、SMPDL3B、EVL、EVI2B、RAB11FIP1、DUSP5、HAVCR2、UBC、CRIP1、SRPRB、SERPINA1、PCSK7、BCL2L11、HSPA6、CWC25、CORO1A、TPST2、MBNL2、CKB、TUBA1B、GABARAPL1、PXDC1、SEL1L、PPP1R8、FKBP4、GABARAPL2、JCHAIN、STK17B、ZWINT、CHMP1B、ID2、HERPUD1、ROCK1、SKAP1、S100A4、CXCL10、CASP3、APOC1、ARID5B、SMAP2、CSRNP1、ADIRF、HLA-DPA1、PPP1R15A、DMKN、SCAF4、MYL9、LYAR、ZBTB25、GADD45B、GCHFR、LINC01588、RAB20、LSP1、FCGR2B、HIST2H2AA4、NCF4、LCK、IGHV3-33、LAPTM5、TUBB4B、TPM2、RBM38、RBP4、CCNA2、SERTAD1、ITM2C、PLPP5、DNAJB9、SYNGR2、TUBB2A、ERLEC1、TMED9、IFI6、HSP90AA1、PTPN1、TTL、DKK1、TM2D3、DCAF11、RIC1、SERPING1、DERL3、KDELR3、GEM、KLF9、TYROBP、CERCAM、CCDC84、ODC1、CYP2C9、CFLAR、HLA-DMB、DUSP1、JSRP1、TRIB1、JUN、NFATC2、EMP3、SNRNP70、TMED5、ST8SIA4、IGLV3-1、ZNF394、TNFSF9、CTSW、CUL1、BACH1、RABL3、KPNA2、EPS8L3、IER5、HSPA1B、CADM1、MCL1、RNF19A、ITGA4、CD38、WIPI1、CENPK、HCLS1、SPICE1、HIST1H2BC、MPRIP、FOSB、SERPINB8、FAM126A、CEP55、ATXN1、VCL、SOCS1、PCNX1、SQOR、JUNB、C10orf90、LCP1、STRADB、CREB3L2、GNG7、CCNH、SNX2、IGSF1、CCNL1、FKBP11、DBF4、ICAM1、MAD2L1、TMEM176B、PAIP2B、CD79A、SRXN1、NOB1、IER2、HLA-DRA、ZFP36L1、MZB1、MAGEA4、JUND、CD8B、AARS、TXNDC15、AC016831.7、GNA15、ATM、TSC22D1、GZMK、RAC3、ZNF263、TNFAIP3、H1FX、FGG、FHL2、MBNL1、TMEM205、IGLV6-57、CD96、TUBA1C、UCHL1、PRDM1、SRPK2、NUP37、TMEM87A、THEMIS2、HSPA5、PCMT1、TUBA1A、IGHG1、ANKRD37、MEF2C、XRN1、POU2AF1、BCL6、INAFM1、ADH4、TGFB1I1、PBK、DCN、FCRL5、DNAJB4、HLA-DQA1、TBC1D23、TMEM39A、GCC2、TMEM192、IGHA1、PTHLH、MFAP5、GEMIN6、BIRC3、IGHV4-4、SLC6A6、CYP2R1、HLA-DRB1、PPP1R15B、HMCES、MYC、WISP2、CHN1、ILK、PXN-AS1、LINC01970、CRIP2、PCOLCE2、MTMR6、EDIL3、AGR2、MEF2B、PFKM、KIAA1671、GLIPR2、SSTR2、SERPINB9、HIST1H1E、PTTG1、WSB1、ERN1、Z93241.1、IGLV1-44、SDS、TLE1、NUPR1、IGLV1-47、ICAM2、NXF1、RSPO3、TCF4、AC243960.1、RARRES2、RMDN3、RBFOX2、SEC11C、OLMALINC、FADS2、ITPRIP、FOS、SFTPD、HAUS3、RNF43、HIST1H4C、TIGAR、BIK、ITGA1、TARSL2、AFP、SNORC、MKLN1、BTG2、KRT18、NOC2L、ZFP36L2、NFKBIA、RHOB、HMGA1、BRD3、IGHJ6、U62317.5、SLC2A3、AC034231.1、CLEC11A、EPCAM、SKI、PNOC、MIR155HG、C12orf75、SAMHD1、IGKV3D-15、ACTN1、GSTZ1、TUBB3、CAV1、OAT、COBLL1、SSR4、ACTA2、HBA1、FAM83D、PLA2G2A、RAB14、AC106791.1、RAB23、AC244090.1、KMT5A、SERPINB1、P3H2、XRCC1、AC106782.1、MAL2、EGR1、F8、PLIN2、SOWAHC、IGFBP6、NFKBIZ、XBP1、SLC25A51、IGHM、KCTD5、USP38、FCER1G、PHLDA1、BYSL、HLA-DRB5、RAPH1、DUSP23、FUOM、ISYNA1、TNK2、STAP2、SLC25A4、GALNT2、SGO2、FHL3、ALB、CYP20A1、TM4SF1、ADA、RRP9、DNAH14、BOLA2、BHLHE41、CCL20、AC005537.1、UBALD2、VGLL4、NUDT1、USP10、ADSSL1、PRSS23、FMC1、ARHGAP45、HSPA14-1、CREB5、RBM33、TMX4、ROCK2、ARSK、PALLD、FNDC3B、FOXA3、BATF、PTP4A3、CDC45、IGHV1-2、IMMP2L、STARD10、HIST2H2BF、MTG2、FBXO8、USP32、ADIPOR2、RRM2、DHODH、DDIT4、NFAT5、PPARG、YTHDF3-AS1、GNG4、CSPP1、UBE2S、ZNF473、TIMP1、CPQ、AOC2、H1F0、JRK、EXOSC9、AC012236.1、AC009403.1、C12orf65、AURKA、MYH9、IGKV4-1、IGHMBP2、JADE1、HIST1H3C、TTC39A、SGMS1、LBP、FRYL、DNAJB2、GNG11、HAGHL、ANXA6、MARS、ADD1、KDM4B、TMEM91、AC008915.2、CXCL14、DUSP14、GJB2、PGM1、ETS2、GNPDA1、COL18A1、KLF10、MT1A、TPX2、S100A2、MAP3K5、HIST1H2AE、SLC20A2、ITGB7、SCEL、RSRP1、AKR1B1、GINS1、ZNF296、ALKBH4、UBE2C、ANKRD36C、SULT2B1、SMC5、TSPYL2、TNS4、TIMP3、ID4、SDC1、COX18、CDC42EP2、SQLE、ZNRF1、AKR1B10、NDC80、GFPT2、MAP1B、HIST1H2AG、IDO1、RNF185、UHRF1BP1、ADORA2B、CALD1、PHLDA2、ADH6、TFAP2A、DLG1、MELK、CBWD3、RAB4B、KANSL1L、RCE1、HIST1H2AC、CDK1、TCIM、C17orf67、BRD4、LY6E-DT、SLC1A6、ARL13B、IRF1、DDX3X、RAB2B、MYBBP1A、ARFGAP1、BOP1、IGKV3D-7、KMT2E-AS1、DTNBP1、LAMC2、ATG4C、MYBL2、LRP10、PALMD、ZBTB4、SYTL2、SERPINH1、CD248、CNEP1R1、FURIN、IGLL5、MEST、MDK、NUP205、NRDE2、ECT2、TENT5A、TNKS1BP1、NFXL1、SLC35E3、ECE1、RASD1、SLC52A2、DCBLD2、CP、POLE、COL27A1、SBNO1、SLC7A6、HYKK、SLPI、CFHR1、SPDEF、DACT2、TUBGCP5、AREG、HIST1H2AJ、KIF2A、AL135925.1、NOTCH3、SLC11A1、HEXIM2、IGFBP1、TVP23A、NUDT14、SAMD11、MIR200CHG、PCLAF、SLC43A3、FAM30A、PHRF1、ADM、SIK2、NUSAP1、CFH、KRTCAP3、SPAG4、TPPP3、TSPAN4、AAK1、CST1、CLU、IFRD1、ASPHD2、CNN3、COL4A1、FGA、ANO6、SBSN、FGB、ATP9B、NLGN4Y、HP、EPS8、RNF111、LINC01285、MAOA、IGHV4-31、TNFRSF10D、GSR、IGHGP、TACSTD2、MT1F、RHCG、MUT、PI3、MT1M、LAMB3、MTRNR2L12、SLC35A2、DDX10、RARRES1、MTSS1、CLK2、RPN2、MED29、CYP1B1、TTTY14、DMXL1、AL139246.5、TAF1、DAAM1、MYO1E、MAFB、CDKN1A、F8A3、FABP5、CFB、HSP90B1、SGK3、HMG20B、CDCA5、CLDN4、SYNM、PAWR、TWNK、AC116049.2、RND3、ATP11A、PID1、MALAT1、TMEM168、TFF1、TFRC、RNASET2、SPINK13、PABPC1L、P4HA2、PRSS8、SPINT1、MSC、FMNL1、SLC8B1、UNC13D、SPINT2、DCP1A、NPTN、IGKV3D-11、G6PD、KRT6A、LYPD1、TESC、COL4A2、ELF3、BCAM、AC093323.1、IGHV1-69、LINC00511、PORCN、TPRG1-AS1、EFNB2、PARD6G-AS1、CD9、RGS16、IL6R、FZD3、GLYR1、B3GALT6、LRCH3、MAFK、LINC00491、MT1X、MUC6、PIK3R3、GBP4、PERP、LXN、ZBTB7A、WARS、AC020911.2、MAPK3、ALS2CL、MRE11、TSPAN17、IGHV4-34、IL33、ADAM9、ANGPTL4、TBC1D31、C1R、CTSC、SLC35A4、FST、SGO1、ANKRD36、IGHG3、SLC15A3、HES1、POLR1E、SLC7A5、CAPN12、IGFBP3、FBXO38、FLNA、CSKMT、OAS1、ULK1、PBX1、EXOC4、REEP6、HILPDA、ASF1B、FKBP1B、IL6、CALU、AKR1C1、KLF2、GRTP1、C1S、SMOX、CPLX2、LMNA、BSG、IGHG4、SVIL、HIST1H1B、GCH1、NEAT1、FN1、ESRP1、RFWD3、ADGRE2、SPINK6、HPD、CAVIN1、MT1E、CLDN10、C15orf48、CA9、NR4A1、PPP1R3B、SLC30A1、SLC7A11、VIRMA、NAA25、CCNB1、CFD、AP1G1、H6PD、PSCA、KCNK6、AL161431.1、DVL1、HIST1H2AM、RAB31、CDCA3、SPATA20、PRMT7、PTGR1、SERINC2、IGHG2、GFPT1、TTC22、BTBD1、HIST1H4H、CENPB、ZNF598、GPATCH2L、SPTLC3、CXCL2、CYP24A1、EZH2、GPX2、LMNB2、PTGES、MGLL、NR2F2、KRT19、DNTTIP1、MUC5AC、SDCBP2、IL1R2、AHNAK2、MUC16、AC023090.1、CPE、VNN1、BAMBI、NPW、TK1、IGKV3D-20、ANKRD11、CDC20、CDH1、STK11、IGKC、SLC45A4、TBC1D8、CSTA、AC233755.1、MIGA1、HIST1H2AL、AKAP12、MAP4K4、HOOK2、GGA3、COL7A1、NOS1、ARHGAP26、AKR1C2、TGM2、CENPF、IGHV3-48、CDCA8、TSC2、STC2、PKN3、PVR、CES1、GPRC5A、SEZ6L2、CEP170B、KIF14、IER3、ALDH3B1、TOP2A、SPP1、TXNRD1、LENG8、TRIM15、ALDH3A1、RIMKLB、HECTD4、SMOC1、NEB、RMRP、IGFBP4、MT1G、SCRIB、ERO1A、SOX4、LMO7、RNPEPL1、PLK2、COL6A2、FLRT3、IGHV4-28、SCD、KRT7、PIEZO1、CXCL1、DAPK1、ID1、C3、CXCL3、IGKV3-20、GUCA2B、ITGA3、SFN、IGLV3-21、PLEC、POLR2A、AGRN、MUC1、SERPINB3、S100A8、LAMA5、COL6A1、ITGB4、S100P、SLURP2、MSLN、KRT17、及びMUC5Bから選択される1つ又は複数の遺伝子の発現値を含む。一部の実施形態では、gMDSCシグネチャーは、SERPINB1、SOD2、S100A8、CTSC、CCL18、CXCL2、PLAUR、NCF2、FPR1及びIL8から選択される1つ又は複数の遺伝子の発現値を含む。一部の実施形態では、gMDSCシグネチャーは、SERPINB1、SOD2、S100A8、CTSC、CCL18、CXCL2、PLAUR、NCF2、FPR1、IL8、S100A9、TNFAIP3、CXCL1、BCL2A1、EMR2、LILRB3、SLC11A1、IL6、TREM1、CCL20、LYN、CXCL3、IL1B、IL1R2、AQP9、IL2RA、GPR97、OSM、CXCR1、FPR2、C19orf59、CXCR2、CXCL6、CXCL5、EMR3、MEFV、S100A12、CD300E、FCGR3B、PPBP、LILRA5、LILRA3及びCASP5から選択される1つ又は複数の遺伝子の発現値を含む。一部の実施形態では、がん免疫(IO)シグネチャーは、GBP5、IL10RA、NLRC5、CXCL9、RAC2、GBP4、GLUL、IRF1、CD53、CIITA、S100B、GBP2、ITK、SLAMF7、IKZF3、DOCK2、SELL、ARHGAP9、CYTIP、IL2RB、NCKAP1L、APOD、CD96、IL7R及びZAP70から選択される1つ又は複数の遺伝子の発現値を含む。一部の実施形態では、がん免疫(IO)シグ
ネチャーは、ISG20、PCDHGA2、TGFB1I1、ATP8B1、IL7R、IRF8、ETV1、MYLK、GRHL2、THBS4、CYP3A5、FBLIM1、S100B、BICD1、SLAMF7、RAB27A、GATM、ICA1、ITPR1、SLC7A2、ZAP70、LOXL4、CILP、ARHGAP30、ITGB2、KLF5、PRKCA、PCDH7、DPYSL3、RGS2、SPP1、COLGALT2、MPZL2、TNFAIP8、PLAT、ALDH1A3、POF1B、PPP1R9A、SEMA3A、CIITA、DLC1、ARHGAP9、FRAS1、AKAP6、ATP1A2、TTN、LTBP1、NCKAP1L、MAP3K6、MYO1B、MRVI1、FSCN1、GPC1、GBP5、BAMBI、IL2RB、MYO1G、RANBP17、APOD、RASGRP1、CYTIP、ITGA7、CYTH4、PTPRF、KIAA1755、IRF1、GPR37、RAC2、NLRC5、EGFR、ITK、IL10RA、IGFBP2、CD96、RASD1、CD36、TMEM163、IGLL5、IKZF3、PRLR、CDC42BPG、DOCK2、PAM、VEGFA、CD84、SORL1、GBP2、SYTL4、APBB1IP、SIGLEC10、GBP4、COMP、DOCK8、CXCL9、NRP1、EPHB4、CD53、GLUL、DNM1、DSP、SIX4、SELL、DSC3、TNFAIP2、及びJAG2から選択される1つ又は複数の遺伝子の発現値を含む。一部の実施形態では、TMBはDNAシーケンシングデータから導き出される。一部の実施形態では、チェックポイント関連遺伝子シグネチャー、免疫疲弊シグネチャー及び顆粒球性骨髄由来サプレッサー細胞(gMDSC)シグネチャーの発現値は、RNA seqデータから導き出される。一部の実施形態では、IO療法は、免疫チェックポイント阻害剤療法(ICI)である。一部の実施形態では、ICIは、ペムブロリズマブ又はニボルマブを含む。一部の実施形態では、レポートは、免疫プロファイルスコア(IPS)を更に含む。一部の実施形態では、IPSは、1～100の整数として表示される。一部の実施形態では、IPSは、カテゴリーに更に分けられるか、又はカテゴリー的結果である。一部の実施形態では、カテゴリーは、IPS-低、不確定及びIPS-高である。
【０００９】
本開示の一態様では、がんと診断された対象の免疫プロファイルスコア(IPS)を決定する方法が提供される。一部の実施形態では、方法は、1つ又は複数のプロセッサと、1つ又は複数のプロセッサによる実行のための1つ又は複数のプログラムを記憶するメモリーを有するコンピュータシステムで、(A)対象由来のがんの試料からのシーケンシングデータを受け取る工程であって、シーケンシングデータがRNAシーケンシングデータを含み、RNAシーケンシングデータが複数の遺伝子の発現値を含む複数のデータ要素を含む、工程、並びに1つ又は複数のモデル構成成分を1つ又は複数のモデルに適用して、対象のIPSを決定する工程を含む。一部の実施形態では、1つ又は複数のモデル構成成分は、腫瘍遺伝子変異量(TMB)、マイクロサテライト不安定性(MSI)、ヒト白血球抗原(HLA)タイピング、HLAヘテロ接合性喪失、T細胞レパートリー、B細胞レパートリー、対象がんへの免疫浸潤のレベル、1つ又は複数の臨床検査室結果、任意選択で、CD274、CTLA4、TIM3、TIGIT、PDCD1、TNFSF4、LAG3、IDO1及びTNFRSF9から選択される1つ又は複数のチェックポイント遺伝子の発現、免疫療法応答及びがん予後と関連する遺伝子、任意選択で、STK11、KEAP1、ARID1A及びLKB1中の特定の病原性突然変異及び変更の存在、特定の細胞種及び/又は細胞状態、任意選択で、細胞傷害性T細胞のRNAシグネチャー、生物学的プロセス、任意選択で、三次リンパ組織様構造形成又はT細胞形成の機序、免疫療法に対する応答性、免疫疲弊シグネチャー(IES)又はTable 3(表4)に列挙される構成成分のいずれかからなる群から選択される。
【００１０】
一部の実施形態では、方法は、1つ又は複数のプロセッサと、1つ又は複数のプロセッサによる実行のための1つ又は複数のプログラムを記憶するメモリーとを有するコンピュータシステムで、(A)対象由来のがんの試料からのシーケンシングデータを受け取る工程であって、シーケンシングデータがRNAシーケンシングデータを含み、RNAシーケンシングデータが、複数の遺伝子の発現値を含む複数のデータ要素を含む、工程、(B)対象のがんの複数のデータ要素に、対象のがんの免疫疲弊シグネチャー(IES)を提供するようにトレーニングされているモデルを適用する工程であって、IPSが、免疫抑制及びがん増殖と関連する遺伝子における正の重み及び細胞傷害性遺伝子における負の重みを特徴とし、モデルが、複数の対象由来のがんの試料からのRNAシーケンシングデータを含むコホートデータセット及び複数の対象からの臨床データでトレーニングされており、臨床データが生存指標を含む、工程、並びに(C)IPSと、任意選択で、1つ又は複数の追加のモデル構成成分を、1つ又は複数のモデルに適用して、対象のIPSを決定する工程であって、IPS及び任意選択の1つ又は複数のモデル構成成分が、モデルによって対象のIPSを決定するために使用される、工程を含む。
（【００１１】以降は省略されています）

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