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公開番号
2025069164
公報種別
公開特許公報(A)
公開日
2025-04-30
出願番号
2025003210,2023010460
出願日
2025-01-09,2016-08-05
発明の名称
SIRP-アルファドメインまたはそのバリアントを有する構築物
出願人
エーエルエックス オンコロジー インコーポレイテッド
代理人
園田・小林弁理士法人
主分類
C07K
14/47 20060101AFI20250422BHJP(有機化学)
要約
【課題】細胞(例えば、がん細胞もしくは免疫系の細胞)を標的とするため、標的細胞の食作用を増加させるため、制御性T細胞等の免疫細胞を除去するため、がん細胞を殺傷するため、対象における疾患(例えば、がん)を治療するため、又はそれらの任意の組合せに有用である、野生型SIRP-α(シグナル制御タンパク質α)より高い親和性でCD47に結合する高親和性SIRP-αD1ドメイン又はそのバリアントを提供する。
【解決手段】野生型SIRP-αD1ドメインに対して残基80にアミノ酸の変異、並びに野生型SIRP-αD1ドメインに対して、残基6、残基27、残基31、残基47、残基53、残基54、残基56、残基66、及び残基92からなる群から選択される残基に少なくとも1つのさらなるアミノ酸の変異を有するSIRP-αD1ドメイン、又はその断片を含むSIRP-αD1バリアントを含むポリペプチドが提供される。
【選択図】図3
特許請求の範囲
【請求項1】
野生型シグナル制御タンパク質α(SIRP-α)D1ドメインに対して残基80にア
ミノ酸の変異、ならびに野生型SIRP-α D1ドメインに対して、残基6、残基27
、残基31、残基47、残基53、残基54、残基56、残基66、及び残基92からな
る群から選択される残基に少なくとも1つのさらなるアミノ酸の変異を有するSIRP-
α D1ドメイン、またはその断片を含むSIRP-α D1バリアントを含むポリペプ
チド。
続きを表示(約 2,000 文字)
【請求項2】
前記野生型SIRP-α D1ドメインが、配列番号1~10のいずれか1つの配列を
有する、請求項1に記載のポリペプチド。
【請求項3】
前記SIRP-α D1ドメインが、野生型SIRP-α D1ドメインに対して、残
基6、残基27、残基31、残基47、残基53、残基54、残基56、残基66、及び
残基92からなる群から選択される残基に1~9個のさらなるアミノ酸の変異を含む、請
求項1に記載のポリペプチド。
【請求項4】
前記SIRP-α D1バリアントが、アミノ酸配列
EEELQX
1
IQPDKSVLVAAGETATLRCTX
2
TSLX
3
PVGPIQ
WFRGAGPGRX
4
LIYNQX
5
X
6
GX
7
FPRVTTVSDX
8
TKRNNM
DFSIRIGX
9
ITPADAGTYYCX
10
KFRKGSPDDVEFKSGAG
TELSVRAKPS(配列番号49)を含み、ここで、X
1
はV、L、またはIであり
、X
2
はA、I、V、またはLであり、X
3
はI、F、S、またはTであり、X
4
はE、
V、またはLであり、X
5
はKまたはRであり、X
6
はEまたはQであり、X
7
はH、P
、またはRであり、X
8
はL、T、S、またはGであり、X
9
はAであり、X
10
はVま
たはIであり、前記SIRP-α D1バリアントが、配列番号1の配列を有する野生型
SIRP-α D1ドメインに対して、少なくとも2つのアミノ酸置換を有する、請求項
1に記載のポリペプチド。
【請求項5】
前記SIRP-α D1バリアントが、配列番号78~85のいずれか1つのアミノ酸
配列を有する、請求項4に記載のポリペプチド。
【請求項6】
前記SIRP-α D1バリアントが、アミノ酸配列
EEELQX
1
IQPDKSVLVAAGETATLRCTX
2
TSLX
3
PVGPIQ
WFRGAGPGRX
4
LIYNQX
5
X
6
GX
7
FPRVTTVSDX
8
TKRNNM
DFSIRIGX
9
X
10
X
11
X
12
ADAGTYYCX
13
KFRKGSPDDVE
FKSGAGTELSVRAKPS(配列番号218)を含み、ここで、X
1
はV、L、
またはIであり、X
2
はA、V、L、またはIであり、X
3
はI、S、T、またはFであ
り、X
4
はE、L、またはVであり、X
5
はKまたはRであり、X
6
はEまたはQであり
、X
7
はH、R、またはPであり、X
8
はS、G、L、またはTであり、X
9
は任意のア
ミノ酸であり、X
10
は任意のアミノ酸であり、X
11
は任意のアミノ酸であり、X
12
は任意のアミノ酸であり、X
13
はVまたはIであり、前記SIRP-α D1バリアン
トが、配列番号1の配列を有する野生型SIRP-α D1ドメインに対して少なくとも
2つのアミノ酸置換を有する、請求項1に記載のポリペプチド。
【請求項7】
X
9
がAである、請求項6に記載のポリペプチド。
【請求項8】
X
9
がNである、請求項6に記載のポリペプチド。
【請求項9】
X
10
がIである、請求項6に記載のポリペプチド。
【請求項10】
X
9
がNであり、X
10
がPである、請求項6に記載のポリペプチド。
(【請求項11】以降は省略されています)
発明の詳細な説明
【技術分野】
【0001】
相互参照
本出願は、2015年8月7日に出願された米国仮特許出願第62/202,772号
、2015年8月7日に出願された米国仮特許出願第62/202,775号、2015
年8月7日に出願された米国仮特許出願第62/202,779号、2016年1月8日
に出願された米国仮特許出願第62/276,801号、2015年12月10日に出願
された米国仮特許出願第62/265,887号、2016年1月8日に出願された米国
仮特許出願第62/276,796号、及び2016年6月6日に出願された米国仮特許
出願第62/346,414号の利益を主張する。これらの出願はそれぞれ参照すること
によってそれらの全体が本明細書に組み込まれる。
続きを表示(約 9,100 文字)
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【0002】
ある特定の実施形態において、本明細書に開示するのは、野生型シグナル制御タンパク
質α(SIRP-α)D1ドメインに対して残基80にアミノ酸の変異、ならびに野生型
SIRP-α D1ドメインに対して、残基6、残基27、残基31、残基47、残基5
3、残基54、残基56、残基66、及び残基92からなる群から選択される残基に少な
くとも1つのさらなるアミノ酸の変異を有するSIRP-α D1ドメイン、またはその
断片を含むSIRP-α D1バリアントを含むポリペプチドである。いくつかの実施形
態では、該野生型SIRP-α D1ドメインは、配列番号1~10のいずれか1つの配
列を有する。いくつかの実施形態では、該SIRP-α D1ドメインは、野生型SIR
P-α D1ドメインに対して、残基6、残基27、残基31、残基47、残基53、残
基54、残基56、残基66、及び残基92からなる群から選択される残基に1~9個の
さらなるアミノ酸の変異を含む。いくつかの実施形態では、該SIRP-α D1バリア
ントは、アミノ酸配列EEELQX
1
IQPDKSVLVAAGETATLRCTX
2
T
SLX
3
PVGPIQWFRGAGPGRX
4
LIYNQX
5
X
6
GX
7
FPRVTTV
SDX
8
TKRNNMDFSIRIGX
9
ITPADAGTYYCX
10
KFRKGSP
DDVEFKSGAGTELSVRAKPS(配列番号49)を含み、ここで、X
1
はV
、L、またはIであり、X
2
はA、I、V、またはLであり、X
3
はI、F、S、または
Tであり、X
4
はE、V、またはLであり、X
5
はKまたはRであり、X
6
はEまたはQ
であり、X
7
はH、P、またはRであり、X
8
はL、T、S、またはGであり、X
9
はA
であり、X
10
はVまたはIであり、該SIRP-α D1バリアントは、配列番号1の
配列を有する野生型SIRP-α D1ドメインに対して、少なくとも2つのアミノ酸置
換を有する。いくつかの実施形態では、該SIRP-α D1バリアントは、配列番号7
8~85のいずれか1つのアミノ酸配列を有する。いくつかの実施形態では、該SIRP
-α D1バリアントは、アミノ酸配列EEELQX
1
IQPDKSVLVAAGETA
TLRCTX
2
TSLX
3
PVGPIQWFRGAGPGRX
4
LIYNQX
5
X
6
GX
【0003】
ある特定の実施形態において、本明細書に開示するのは、ポリペプチドであって、シグ
ナル制御タンパク質α(SIRP-α)D1バリアントであるとともに、アミノ酸配列E
EX
1
X
2
QX
3
IQPDKX
4
VX
5
VAAGEX
6
X
7
X
8
LX
9
CTX
10
TSL
X
11
PVGPIQWFRGAGPX
12
RX
13
LIYNQX
14
X
15
GX
16
FP
RVTTVSX
17
X
18
TX
19
RX
20
NMDFX
21
IX
22
IX
23
X
24
IT
X
25
ADAGTYYCX
26
KX
27
RKGSPDX
28
X
29
EX
30
KSGAGT
ELSVRX
31
KPS(配列番号47)を含み、X
1
はEまたはGであり、X
2
はL、
I、またはVであり、X
3
はV、L、またはIであり、X
4
はSまたはFであり、X
5
は
LまたはSであり、X
6
はSまたはTであり、X
7
はAまたはVであり、X
8
はIまたは
Tであり、X
9
はH、R、またはLであり、X
10
【0004】
ある特定の実施形態において、本明細書に開示するのは、Fcバリアントを含むポリペ
プチドであって、該Fcバリアントは、2つのFcドメインモノマーを有するFcドメイ
ンダイマーを含むとともに、各Fcドメインモノマーが、独立して、(i)L234A、
L235A、G237A、及びN297Aの変異からなるヒトIgG1のFc領域、(i
i)A330S、P331S、及びN297Aの変異からなるヒトIgG2のFc領域、
または(iii)S228P、E233P、F234V、L235A、delG236、
及びN297Aの変異を含むヒトIgG4のFc領域から選択されるポリペプチドである
。いくつかの実施形態では、該Fcドメインモノマーの少なくとも1つは、L234A、
L235A、G237A、及びN297Aの変異からなるヒトIgG1のFc領域である
。いくつかの実施形態では、該Fcドメインモノマーの少なくとも1つは、A330S、
P331S、及びN297Aの変異からなるヒトIgG2のFc領域である。いくつかの
実施形態では、該Fcバリアントは、ヒトIgGのFc領域の野生型版と比較してFcγ
受容体に対する結合の除去または減少を示す。いくつかの実施形態では、該Fcバリアン
トは、ヒトIgGのFc領域の野生型版と比較して、CD16a、CD32a、CD32
b、CD32c、及びCD64のFcγ受容体に対する結合の除去または減少を示す。い
くつかの実施形態では、該Fcバリアントは、ヒトIgGのFc融合の野生型版と比較し
て、C1qに対する結合の除去または減少を示す。いくつかの実施形態では、該Fcドメ
インモノマーの少なくとも1つは、S228P、E233P、F234V、L235A、
delG236、及びN297Aの変異を含むヒトIgG4のFc領域である。いくつか
の実施形態では、該Fcバリアントは、野生型ヒトIgG4のFc領域と比較して、Fc
γ受容体に対する結合の除去または減少を示す。いくつかの実施形態では、該Fcバリア
ントは、そのヒトIgG4のFc領域の野生型版と比較して、CD16a及びCD32b
のFcγ受容体に対する結合の除去または減少を示す。いくつかの実施形態では、該Fc
バリアントは、Fcγ受容体に対して、K
D
約5x10
-6
M超で結合する。いくつかの
実施形態では、該ポリペプチドは、さらに、CD47結合ポリペプチドを含む。いくつか
の実施形態では、該Fcバリアントは、ヒトIgGのFc領域の野生型版と比較して、F
cγ受容体に対する結合の除去または減少を示す。いくつかの実施形態では、該CD47
結合ポリペプチドは、げっ歯類及び非ヒト霊長類において、急性貧血を引き起こさない。
いくつかの実施形態では、該CD47結合ポリペプチドは、ヒトにおいて、急性貧血を引
き起こさない。いくつかの実施形態では、該CD47結合ポリペプチドは、シグナル制御
タンパク質α(SIRP-α)ポリペプチドまたはその断片である。いくつかの実施形態
では、該SIRP-αポリペプチドは、アミノ酸配列EEELQX
1
IQPDKSVLV
AAGETATLRCTX
2
TSLX
3
PVGPIQWFRGAGPGRX
4
LIYNQ
X
5
EGX
6
FPRVTTVSDX
7
TKRNNMDFSIRIGX
8
ITPADAGT
YYCX
9
KFRKGSPDDVEFKSGAGTELSVRAKPS(配列番号51)
を含むSIRP-α D1バリアントを含み、ここで、X
1
はVまたはIであり、X
2
は
AまたはIであり、X
3
【0005】
ある特定の実施形態において、本明細書に開示するのは、ポリペプチドであって、シグ
ナル制御タンパク質α(SIRP-α)D1バリアントであるとともに、非自然発生の高
親和性SIRP-α D1ドメインであり、自然発生のD1ドメインの親和性より少なく
とも10倍高い親和性でヒトCD47に結合する該SIRP-α D1バリアント、及び
Fcドメインモノマーであるとともに、第二のFcドメインモノマーを含む第二のポリペ
プチドに連結されてFcドメインを形成し、該Fcドメインが除去または減少されたエフ
ェクター機能を有する該Fcドメインモノマーを含むポリペプチドである。いくつかの実
施形態では、該非自然発生の高親和性SIRP-α D1ドメインは、残基80にアミノ
酸の変異を含む。
【0006】
ある特定の実施形態において、本明細書に開示するのは、シグナル制御タンパク質α(
SIRP-α)D1バリアントを含むポリペプチドであって、該SIRP-α D1バリ
アントが、K
D
250nM未満で第一の種由来のCD47に結合し、該SIRP-α D
1バリアントが、K
D
250nM未満で第二の種由来のCD47に結合し、かつ、該第一
の種由来のCD47に対するK
D
と、該第二の種由来のCD47に対するK
D
が互いに1
00倍以内であり、該第一の種と第二の種が、ヒト、げっ歯類、及び非ヒト霊長類からな
る群から選択される該ポリペプチドである。いくつかの実施形態では、該SIRP-α
D1バリアントは、少なくとも3つの異なる種由来のCD47に結合する。いくつかの実
施形態では、該非ヒト霊長類はカニクイザルである。
【0007】
ある特定の実施形態において、本明細書に開示するのは、ポリペプチドであって、(a
)K
D
250nM未満でヒトCD47に結合するシグナル制御タンパク質α(SIRP-
α)D1ドメイン、及び(b)該SIRP-α D1ドメインのN末端またはC末端に連
結されたFcドメインモノマーを含み、げっ歯類及び非ヒト霊長類において急性貧血を引
き起こさないポリペプチドである。いくつかの実施形態では、該ポリペプチドは、ヒトS
IRP-αの非自然発生のバリアントである。いくつかの実施形態では、該ポリペプチド
のインビボ投与は、投与後第一週の間に50%未満のヘモグロビンの減少をもたらす。い
くつかの実施形態では、該ポリペプチドのヒトでの投与は、投与後第一週の間に50%未
満のヘモグロビンの減少をもたらす。いくつかの実施形態では、該ポリペプチドは、さら
に、少なくとも1つのFcバリアントを含むとともに、該Fcバリアントは、(i)L2
34A、L235A、G237A、及びN297Aの変異からなるヒトIgG1のFc領
域、(ii)A330S、P331S及びN297Aの変異からなるヒトIgG2のFc
領域、または(iii)S228P、E233P、F234V、L235A、delG2
36、及びN297Aの変異を含むヒトIgG4のFc領域から選択される。いくつかの
実施形態では、該Fcバリアントは、L234A、L235A、G237A、及びN29
7Aの変異からなるヒトIgG1のFc領域である。いくつかの実施形態では、該Fcバ
リアントは、A330S、P331S、及びN297Aの変異からなるヒトIgG2のF
c領域である。いくつかの実施形態では、該Fcバリアントは、S228P、E233P
、F234V、L235A、delG236、及びN297Aの変異を含むヒトIgG4
のFc領域である。
【0008】
ある特定の実施形態において、本明細書に開示するのは、疾患または障害を有する個体
の治療方法であって、本明細書に開示するポリペプチドを当該対象に投与することを含む
方法である。いくつかの実施形態では、該ポリペプチドは、野生型シグナル制御タンパク
質α(SIRP-α)D1ドメインに対して残基80にアミノ酸の変異、ならびに野生型
SIRP-α D1ドメインに対して、残基6、残基27、残基31、残基47、残基5
3、残基54、残基56、残基66、及び残基92からなる群から選択される残基に少な
くとも1つのさらなるアミノ酸の変異を有するSIRP-α D1ドメイン、またはその
断片を含むSIRP-α D1バリアントを含む。いくつかの実施形態では、該ポリペプ
チドは、シグナル制御タンパク質α(SIRP-α)D1バリアントを含むとともに、該
SIRP-α D1バリアントは、アミノ酸配列EEX
1
X
2
QX
3
IQPDKX
4
VX
5
VAAGEX
6
X
7
X
8
LX
9
CTX
10
TSLX
11
PVGPIQWFRGAGPX
12
RX
13
LIYNQX
14
X
15
GX
16
FPRVTTVSX
17
X
18
TX
19
R
X
20
NMDFX
21
IX
22
IX
23
X
24
ITX
25
ADAGTYYCX
26
KX
2
7
RKGSPDX
28
X
29
EX
30
KSGAGTELSVRX
31
KPS(配列番号4
7)を含み、ここで、X
1
はEまたはGであり、X
2
はL、I、またはVであり、X
3
は
V、L、またはIであり、X
4
はSまたはFであり、X
5
【図面の簡単な説明】
【0009】
本発明の新規特徴は、添付の特許請求の範囲に具体的に記載する。本発明の特徴及び利
点のより良い理解は、本発明の原理を利用した例示的な実施形態、及び添付図面の以下の
詳細な説明を参照することによって得られる。
第二のFcドメインモノマーとともにFcドメインを形成する第一のFcドメインモノマーにつながれたSIRP-α D1ドメインまたはそのバリアントを含むSIRP-α構築物を示す図である。
第一のFcドメインモノマーにつながれたSIRP-α D1ドメインまたはそのバリアント及び第二のFcドメインモノマーにつながれた抗体可変ドメインを含み、該第一のFcドメインモノマー及び該第二のFcドメインモノマーが結合してFcドメインを形成するSIRP-α構築物を示す図である。
第一のFcドメインモノマーにつながれたSIRP-α D1ドメインまたはそのバリアント及び第二のFcドメインモノマーにつながれた治療用タンパク質を含み、該第一のFcドメインモノマー及び該第二のFcドメインモノマーが結合してFcドメインを形成するSIRP-α構築物を示す図である。
図4Aは、穴の変異を有する第二のFcドメインモノマーとともにFcドメインを形成する、ノブの変異を有する第一のFcドメインモノマーにつながれたSIRP-α D1ドメインまたはそのバリアントを含むSIRP-α構築物を示す図である。図4Bは、ノブの変異を有する第二のFcドメインモノマーとともにFcドメインを形成する、穴の変異を有する第一のFcドメインモノマーにつながれたSIRP-α D1ドメインまたはそのバリアントを含むSIRP-α構築物を示す図である。
図5Aは、FcドメインモノマーにつながれたSIRP-α D1ドメインまたはそのバリアントを含むSIRP-α構築物を示す図である。図5Bは、図5Aに示す構築物のホモダイマーであるSIRP-α構築物を示す図である。
SIRP-α D1ドメインを含む単官能及び二官能SIRP-α構築物に関するSPR結合データを示す。
様々な濃度のSIRP-αポリペプチド構築物の存在下での、ヒト単球由来マクロファージによるDLD-1-GFP-ルシフェラーゼ腫瘍細胞の食作用を示す。
様々な濃度のSIRP-αポリペプチド構築物の存在下での、ヒト単球由来マクロファージによるDLD-1-GFP-ルシフェラーゼ腫瘍細胞の食作用を示す。
様々な濃度のSIRP-αポリペプチド構築物の存在下での、ヒト単球由来マクロファージによるDLD-1-GFP-ルシフェラーゼ腫瘍細胞の食作用を示す。
一定期間にわたるSIRP-αポリペプチドの半減期の安定性を示す。
SIRP-αポリペプチド構築物の血球凝集反応アッセイデータを示す。
SIRP-αポリペプチド構築物及び抗mPD-L1で処理されたマウス同系腫瘍モデルの生存曲線を示す。
抗mPD-L1と組み合わせてSIRP-αポリペプチド構築物で処理されたマウス同系腫瘍モデルの腫瘍体積分析を示す。
SIRP-α-Fc融合物に対する様々な濃度のC1q補体の結合を示す。
様々な濃度のSIRP-αポリペプチド構築物の存在下での、ヒト単球由来マクロファージによるMM1R細胞の食作用を示す。
様々な濃度のSIRP-αポリペプチド構築物の存在下での、ヒト単球由来マクロファージによるMM1R細胞の食作用を示す。
様々な濃度のSIRP-αポリペプチド構築物の存在下での、ヒト単球由来マクロファージによるN87細胞の食作用を示す。
P83Vの変異を有するSIRP-α D1バリアントの分子量分析を示す。
リツキシマブとともに、またはリツキシマブなしで、様々なSIRP-α構築物で処理されたがんのNOD scidガンマ(NSG)マウスモデルにおけるヒトGFP-Luc-Rajiリンパ腫細胞の腫瘍増殖を示す。
図19Aに示す腫瘍の腫瘍体積の散布図を示す。
図19Aに示す処理マウスのヘモグロビン値を示す。
SIRP-αの野生型IgG1のFc構築物またはSIRP-αのIgG1のFcバリアント構築物のいずれかで処理されたマウスから採取した赤血球数を示す。
【発明を実施するための形態】
【0010】
定義
用語「約」または「およそ」は、当業者によって決定される特定の値の許容誤差範囲内
であることを意味し、値を測定し、または決定する方法、すなわち計測システムの限界に
部分的に依存する。例えば、「約」は、当該技術の実行につき、1または1以上の標準偏
差内を意味することができる。代替として、「約」は、所与の値の最大20%、最大10
%、最大5%、または最大1%の範囲を意味することができる。代替として、特に生物系
または生物学的過程に関して、該用語は、値の10倍以内、好ましくは5倍以内、より好
ましくは2倍以内を意味することができる。別段に記載のない限り、本出願及び特許請求
の範囲に特定の値が記載される場合、用語「約」は、該特定の値に対する許容可能な誤差
範囲内を意味することが想定されるものとする。
(【0011】以降は省略されています)
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スガイ化学工業株式会社
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国立大学法人京都大学
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純正化学株式会社
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スガイ化学工業株式会社
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サンアプロ株式会社
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キヤノン株式会社
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学校法人神奈川大学
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保土谷化学工業株式会社
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セッツ株式会社
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