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公開番号2025116051
公報種別公開特許公報(A)
公開日2025-08-07
出願番号2025086503,2023112150
出願日2025-05-23,2017-01-04
発明の名称Candida種を検出するための方法及び組成物
出願人ジェン-プローブ・インコーポレーテッド
代理人個人,個人
主分類C12Q 1/6895 20180101AFI20250731BHJP(生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学)
要約【課題】Candida種を検出するための方法及び組成物の提供。
【解決手段】試料中のCandida種の存在または不在を検出するためのCandida種標的核酸の特異的増幅を利用する方法を開示する。また、増幅オリゴマー、捕捉プローブ、及び検出プローブ、ならびにそれらの組み合わせを含む対応するオリゴマー、ならびに対応する反応混合物及びキットも開示される。試料中のCandida種の存在または不在を判定するための方法のいくつかの実施形態では、本方法は、試料を第1及び第2の両方の増幅オリゴマーの組み合わせに接触させることを含む。
【選択図】図1
特許請求の範囲【請求項１】
本明細書に記載の発明。

発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、３５Ｕ．Ｓ．Ｃ§１１９（ｅ）のもと、２０１６年１月４日に出願された仮出願第６２／２７４，６１０号に対する優先権の利益を主張し、その内容は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
続きを表示（約 2,400 文字）【０００２】
配列表の参照
本出願は、ＥＦＳ－Ｗｅｂを介してＡＳＣＩＩ形式で提出された配列表を含み、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。２０１７年１月４日に作成された該ＡＳＣＩＩコピーは、「ＤＩＡ．０００３．０２（ＰＣＴ）ＳｅｑＬｉｓｔｉｎｇ２＿ＳＴ２５」と名付けられ、大きさは２６ＫＢである。
【背景技術】
【０００３】
陰部／外陰膣Ｃａｎｄｉｄａ症（ＶＶＣ）は、「酵母感染症」と呼ばれる場合もある。それは、Ｃａｎｄｉｄａと呼ばれる酵母の過剰増殖が存在するときに生じる一般的な感染である。Ｃａｎｄｉｄａは少量で体内及び体表に常に存在する。しかしながら、不均衡が生じる場合、例えば、膣の正常な酸性度が変化するとき、またはホルモンバランスが変化するときに、Ｃａｎｄｉｄａが増殖し得る。それらが起こるとき、Ｃａｎｄｉｄａ症の症状が現れる場合がある。
【０００４】
ＶＶＣを有する女性は、通常、陰部掻痒、灼熱感、及び時として「カッテージチーズ様」膣分泌物を経験する。陰部Ｃａｎｄｉｄａ症を有する男性は、陰茎に掻痒を伴う発疹を経験し得る。ＶＶＣの症状は、多くの他の陰部感染症の症状と類似し、そのため、適切な治療を保証するために適切な診断を受けることが重要である。
【０００５】
ＶＶＣを診断するための単一基準は今のところない。診断は、検査所見及び患者の状態の両方からのいくつかの徴候の臨床評価に基づく必要がある。身体検査のみによる酵母感染症の診断は困難であり得る。通常、診断は、膣分泌物の試料を採取し、顕微鏡下で試料を調べ、異常な数のＣａｎｄｉｄａ生物が存在するかどうかを確認することによって行われる。Ｃａｎｄｉｄａ種は身体の常在菌であるため、真菌培養は常に有用ではない場合がある。
【０００６】
Ｃａｎｄｉｄａ感染症の治療は、使用される抗真菌薬が宿主毒性を有するため、起因生物が特定されるまで延期されることが多いが、抗真菌療法が迅速である場合、予後が非常に改善される。したがって、任意の治療レジメンは、感染症の診断の特異性及び迅速性に焦点を当てる。したがって、病原性酵母によって引き起こされるＣａｎｄｉｄａ血症などの感染症の診断に役立つ、迅速で感度が高くかつ特異的な試験の必要性が存在する。
【０００７】
したがって、試料中のＣａｎｄｉｄａ種の特異的で感度が高くかつ迅速な検出のための組成物、反応混合物、方法、及びキットを提供することが本発明の目的である。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００８】
一態様では、本発明は、試料中のＣａｎｄｉｄａ種の存在または不在を判定するための方法を提供する。本方法は、一般に、
（１）Ｃａｎｄｉｄａ種を含有することが疑われる試料を、第１の増幅オリゴマーの組み合わせ及び第２の増幅オリゴマーの組み合わせのうちの少なくとも１つと接触させるステップであって、
（ａ）第１の増幅オリゴマーの組み合わせが、第１のＣａｎｄｉｄａ種標的核酸領域または第２のＣａｎｄｉｄａ種標的核酸領域を増幅するための第１及び第２のＣａｎｄｉｄａ特異的増幅オリゴマーを含み、第１の標的領域が、配列番号１２９のヌクレオチド約１３３位もしくは１６１位～ヌクレオチド約２５９位の領域に対応し、第２の領域が、配列番号１３０のヌクレオチド約２０２位～ヌクレオチド約３０８位の領域に対応し、第１及び第２のＣａｎｄｉｄａ特異的増幅オリゴマーが、それぞれ、第１及び第２のＣａｎｄｉｄａ特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、かつ
（ｂ）第２の増幅オリゴマーの組み合わせが、第３のＣａｎｄｉｄａ種標的核酸領域を増幅するための第１及び第２のＣ．ｇｌａｂｒａｔａ特異的増幅オリゴマーを含み、第３の標的領域が、配列番号１３１のヌクレオチド約３５５位～ヌクレオチド約５５４位の領域に対応し、第１及び第２のＣ．ｇｌａｂｒａｔａ特異的増幅オリゴマーが、それぞれ、第１及び第２のＣ．ｇｌａｂｒａｔａ特異的標的ハイブリダイズ配列を含む、接触させるステップと、
（２）インビトロ核酸増幅反応を実施するステップであって、試料中に存在する場合、任意のＣａｎｄｉｄａ種標的核酸が、第１、第２、及び第３の標的領域のうちの少なくとも１つに対応する１つ以上の増幅産物を生成するためのテンプレートとして使用される、実施するステップと、
（３）１つ以上の増幅産物の存在または不在を検出し、それにより、試料中のＣａｎｄｉｄａ種の存在または不在を判定するステップとを含む。
【０００９】
上記の試料中のＣａｎｄｉｄａ種の存在または不在を判定するための方法のいくつかの実施形態では、本方法は、試料を第１及び第２の両方の増幅オリゴマーの組み合わせに接触させることを含む。例えば、ある特定の変形例では、本方法は、試料を同じ反応混合物内で第１及び第２の両方の増幅オリゴマーの組み合わせと接触させることを含む多重方法である。
【００１０】
上記の方法のいくつかの実施形態では、第１のＣａｎｄｉｄａ特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号９の残基２８～４６のヌクレオチド配列に実質的に対応し、かつ／または第２のＣａｎｄｉｄａ特異的標的ハイブリダイズ配列は、（ｉ）配列番号１３２の配列に含有される１５～２４個の連続ヌクレオチド、及び少なくとも配列番号１３３の配列を含む配列、（ｉｉ）配列番号１５２の配列に含有される２０～２３個の連続ヌクレオチド、及び少なくとも配列番号１５１の配列を含む配列、もしくは（ｉｉｉ）配列番号３４のヌクレオチド配列に実質的に対応する配列である。
（【００１１】以降は省略されています）

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