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公開番号2025118689
公報種別公開特許公報(A)
公開日2025-08-13
出願番号2025070050,2021561906
出願日2025-04-22,2020-05-28
発明の名称多量体T細胞調節性ポリペプチド及びその使用方法
出願人キュー バイオファーマ, インコーポレイテッド
代理人個人,個人,個人,個人,個人,個人,個人,個人,個人,個人
主分類C07K 19/00 20060101AFI20250805BHJP(有機化学)
要約【課題】T細胞の活性の調節、及び個体における免疫応答の調節に有用なT細胞調節多量体ポリペプチド(TMMP)を提供する。
【解決手段】免疫調節ポリペプチド、クラスI HLAポリペプチド(クラスI HLA重鎖ポリペプチド、及びβ2ミクログロブリンポリペプチド)、ならびにT細胞受容体にエピトープを提示するペプチドを含む、T細胞調節多量体ポリペプチドを提供する。
【選択図】図1A
特許請求の範囲【請求項1】
(a)(i)8アミノ酸の長さ~15アミノ酸の長さを有する、ウイルス抗原のエピトープを提示するペプチドエピトープ、及び
(ii)β2Mポリペプチド
を含む第1のポリペプチドと、
(b)(i)MHCクラスI重鎖ポリペプチド、
(ii)1つ以上の活性化免疫調節ポリペプチド、
(iii)免疫グロブリン(Ig)Fcポリペプチドまたは非Igスキャフォールド、ならびに
(iv)がん関連抗原に結合するポリペプチド(がんターゲティングポリペプチド)
を含む第2のポリペプチドと
を含み、
1つ以上の独立して選択されるリンカーが、前記第1のポリペプチド及び前記第2のポリペプチドの1つ以上の成分間に配置されており、
TMMPが2つ以上の活性化免疫調節ポリペプチドを含んでいる場合に、前記TMMPは、前記活性化免疫調節ポリペプチド間に1つ以上のリンカーを含み、
前記第1のポリペプチドと前記第2のポリペプチドとが、少なくとも1つのジスルフィド結合を介して互いに共有結合している、
がん関連抗原に結合する、ヘテロ二量体T細胞調節多量体ポリペプチド(TMMP)。
続きを表示(約 1,300 文字)【請求項2】
前記Ig Fcポリペプチドが、IgG1 Fcポリペプチドである、請求項1に記載のTMMP。
【請求項3】
IgG1 Fcポリペプチドが、配列番号19の番号付けに基づくN77A、L14A、L15A、L14F、L15E、及びP111Sから選択される1つ以上のアミノ酸置換を含む、請求項2に記載のTMMP。
【請求項4】
前記1つ以上の活性化免疫調節ポリペプチドが、サイトカイン、4-1BBLポリペプチド、ICOS-Lポリペプチド、OX-40Lポリペプチド、CD80ポリペプチド、CD86ポリペプチド、CD40ポリペプチド、CD70ポリペプチド、またはそれらの組み合わせである、請求項1~3のいずれか一項に記載のTMMP。
【請求項5】
前記1つ以上の免疫調節ポリペプチドのうちの少なくとも1つが、
IL-2受容体(IL-2R)に対する野生型IL-2の結合親和性よりも少なくとも10%低い結合親和性でIL-2受容体(IL-2R)に結合する、バリアント型IL-2ポリペプチド
である、請求項1~4のいずれか一項に記載のTMMP。
【請求項6】
前記バリアント型IL-2ポリペプチドが、配列番号534に対して少なくとも95%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、
アミノ酸の16位がHis以外であり、アミノ酸の42位がPhe以外である、
請求項5に記載のTMMP。
【請求項7】
前記バリアント型IL-2ポリペプチドが、配列番号15に対して少なくとも95%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、
前記バリアント型IL-2ポリペプチドが、
(i)H16A置換及びF42A置換、または
(ii)H16T置換及びF42A置換
を含む、
請求項6に記載のTMMP。
【請求項8】
前記TMMPが、少なくとも第1及び第2のジスルフィド結合を含み、
前記第1のジスルフィド結合が、
(i)前記ペプチドエピトープと、前記β2Mポリペプチドとの間のリンカーにおけるCys残基と、
(ii)前記MHCクラスI重鎖ポリペプチドにおけるCys残基と
の間に形成され、
前記第2のジスルフィド結合が、
前記β2MポリペプチドにおけるCys残基と、
前記MHCクラスI重鎖ポリペプチドにおけるCys残基と
の間に形成される、
請求項1~7のいずれか一項に記載のTMMP。
【請求項9】
前記ペプチドエピトープが、サイトメガロウイルス、エプスタインバーウイルス、またはコロナウイルスのエピトープを提示する、請求項1~8のいずれか一項に記載のTMMP。
【請求項10】
前記がんターゲティングポリペプチドが、ある抗原への特異的な結合を保持する抗体または抗体の断片である、請求項1~9のいずれか一項に記載のTMMP。
(【請求項11】以降は省略されています)

発明の詳細な説明【技術分野】
【0001】
相互参照
本出願は、2019年5月29日に出願された米国仮特許出願第62/854,200号、2019年7月9日に出願された米国仮特許出願第62/872,048号、及び2019年9月17日に出願された米国仮特許出願第62/901,538号の利益を主張するものであり、これらの出願は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
続きを表示(約 7,100 文字)【背景技術】
【0002】
序文
適応免疫応答は、主要組織適合遺伝子複合体(MHC、ヒトにおいてはヒト白血球抗原(HLA)複合体とも呼ばれる)による、T細胞の表面上に存在するT細胞受容体(TCR)の、抗原提示細胞(APC)の表面上に非共有提示された低分子ペプチド抗原との結合によって行われる。この結合は免疫系の標的化機構を表し、T細胞調節(活性化または抑制)とエフェクター機能に必要不可欠な分子相互作用である。エピトープ特異的な細胞標的化に続き、標的化T細胞は、APC上に存在する共刺激タンパク質の、T細胞上の対応共刺激タンパク質との結合により活性化される。エピトープ/TCR結合と、APC共刺激タンパク質のT細胞共刺激タンパク質との結合の両方のシグナルは、T細胞の特異性及び活性化または抑制を駆動するのに必要とされる。TCRは任意のエピトープに特異的であるが、共刺激タンパク質はエピトープ特異的ではなく、その代わりに、全てのT細胞上または多くのT細胞サブセット上に概ね発現している。
【発明の概要】
【0003】
概要
本開示は、免疫調節ポリペプチド、クラスI HLAポリペプチド(クラスI HLA重鎖ポリペプチド、及びβ2ミクログロブリンポリペプチド)、ならびにT細胞受容体にエピトープを提示するペプチドを含む、T細胞調節多量体ポリペプチド(TMMP)を提供する。TMMPは、T細胞の活性化を調節するのに、また個体における免疫応答を調節するのに有用である。
[本発明1001]
(a)(i)少なくとも4アミノ酸の長さを有するペプチドであるペプチドエピトープ、及び
(ii)第1の主要組織適合遺伝子複合体(MHC)ポリペプチド
を含む第1のポリペプチド、
(b)第2のMHCポリペプチドを含む第2のポリペプチド、
(c)少なくとも1つの免疫調節ポリペプチドであって、前記第1及び/または前記第2のポリペプチドが、前記少なくとも1つの免疫調節ポリペプチドを含む、前記免疫調節ポリペプチド、
(d)免疫グロブリン(Ig)Fcポリペプチドまたは非Igスキャフォールドであって、前記第1及び/または前記第2のポリペプチドが、前記Ig Fcポリペプチドまたは前記非Igスキャフォールドを含む、前記免疫グロブリン(Ig)Fcポリペプチドまたは前記非Igスキャフォールド、ならびに
(e)腫瘍ターゲティングポリペプチドであって、前記第1及び/または前記第2のポリペプチドが、前記腫瘍ターゲティングポリペプチドを含む、前記腫瘍ターゲティングポリペプチド
を含む少なくとも1つのヘテロ二量体を含む、T細胞調節多量体ポリペプチド。
[本発明1002]
前記1つ以上の免疫調節ポリペプチドのうちの少なくとも1つが、関連共免疫調節ポリペプチドに対する対応する野生型免疫調節ポリペプチドの親和性と比較して、前記関連共免疫調節ポリペプチドに対する低い親和性を示すバリアント型免疫調節ポリペプチドである、本発明1001のT細胞調節多量体ポリペプチド。
[本発明1003]
(i)前記T細胞調節多量体ポリペプチドが、第1のT細胞に対し、前記T細胞調節多量体ポリペプチドが第2のT細胞に結合する親和性に比べて少なくとも25%高い親和性で結合し、
前記第1のT細胞がその表面上に、前記関連共免疫調節ポリペプチド及び少なくとも10
-7
Mの親和性で前記エピトープに結合するTCRを発現し、
前記第2のT細胞がその表面上に、前記関連共免疫調節ポリペプチドを発現するが、その表面上に、少なくとも10
-7
Mの親和性で前記エピトープに結合するTCRを発現しない
ように、ならびに/または
(ii)関連共免疫調節ポリペプチドに対する、野生型免疫調節ポリペプチドを含む対照T細胞調節多量体ポリペプチドの結合親和性と、前記関連共免疫調節ポリペプチドに対する前記野生型免疫調節ポリペプチドのバリアント型を含む前記T細胞調節多量体ポリペプチドの結合親和性との比が、バイオレイヤー干渉法によって測定された場合に、1.5:1~10

:1の範囲にある
ように、
前記エピトープが、T細胞上のT細胞受容体(TCR)に少なくとも10
-7
Mの親和性で結合する、本発明1002のT細胞調節多量体ポリペプチド。
[本発明1004]
(a)前記T細胞調節多量体ポリペプチドが、前記第1のT細胞に対し、前記第2のT細胞と結合する親和性に比べて、少なくとも50%、少なくとも2倍、少なくとも5倍、もしくは少なくとも10倍高い親和性で結合し、及び/または
(b)前記バリアント型免疫調節ポリペプチドが、約10
-4
M~約10
-7
M、約10
-4
M~約10
-6
M、約10
-4
M~約10
-5
Mの親和性で前記共免疫調節ポリペプチドに結合し、及び/または
(c)関連共免疫調節ポリペプチドに対する、野生型免疫調節ポリペプチドを含む対照T細胞調節多量体ポリペプチドの結合親和性と、前記関連共免疫調節ポリペプチドに対する前記野生型免疫調節ポリペプチドのバリアント型を含む前記T細胞調節多量体ポリペプチドの結合親和性との比が、バイオレイヤー干渉法によって測定された場合に、少なくとも10:1、少なくとも50:1、少なくとも10

:1、もしくは少なくとも10

:1である、本発明1003のT細胞調節多量体ポリペプチド。
[本発明1005]
前記第2のポリペプチドが、前記Ig Fcポリペプチドを含み、任意選択で、前記Ig Fcポリペプチドが、IgG1 Fcポリペプチドである、本発明1001~1004のいずれかのT細胞調節多量体ポリペプチド。
[本発明1006]
IgG1 Fcポリペプチドが、N297A、L234A、L235A、L234F、L235E、及びP331Sから選択される1つ以上のアミノ酸置換を含む、本発明1005のT細胞調節多量体ポリペプチド。
[本発明1007]
(a5)前記第1のポリペプチドが、N末端からC末端の順に、
(i)前記ペプチドエピトープ、
(ii)前記第1のMHCポリペプチド、及び
(iii)前記少なくとも1つの免疫調節ポリペプチドを含み、かつ
(b5)前記第2のポリペプチドが、N末端からC末端の順に、
(i)前記第2のMHCポリペプチド、
(ii)前記Ig Fcポリペプチド、及び
(iii)前記腫瘍ターゲティングポリペプチドを含むか、または
【図面の簡単な説明】
【0004】
図1A~1Jは、本開示の様々なTMMPの概略図である。
図1Aの説明を参照のこと。
図1Aの説明を参照のこと。
図1Aの説明を参照のこと。
図1Aの説明を参照のこと。
図1Aの説明を参照のこと。
図1Aの説明を参照のこと。
図1Aの説明を参照のこと。
図1Aの説明を参照のこと。
図1Aの説明を参照のこと。
図2A~2Fは、本開示の様々なジスルフィド結合TMMPの概略図である。
図2Aの説明を参照のこと。
図2Aの説明を参照のこと。
図2Aの説明を参照のこと。
図2Aの説明を参照のこと。
図2Aの説明を参照のこと。
図3A~3Gは、免疫グロブリンFcポリペプチドのアミノ酸配列を提供する。配列は、配列番号19~30に記載されている。
図3-1の説明を参照のこと。
図3-1の説明を参照のこと。
図3-1の説明を参照のこと。
ホモ・サピエンス(Homo sapiens)(NP_004039.1;配列番号31)、チンパンジー(Pan troglodytes)(NP_001009066.1;配列番号31)、アカゲザル(Macaca mulatta)(NP_001040602.1;配列番号32)、ウシ(Bos taurus)(NP_776318.1;配列番号33)、及びマウス(Mus musculus)(NP_033865.2;配列番号34)からのベータ-2ミクログロブリン(β2M)前駆体(すなわち、リーダー配列を含む)の複数のアミノ酸配列アラインメントを提供する。アミノ酸1~20はシグナルペプチドである。
図5A~5Cは、対立遺伝子A*0101(配列番号35)、A*1101(配列番号36)、A*2402(配列番号37)、及びA*3303(配列番号38)の全長ヒトHLA重鎖(図7A)、対立遺伝子B*0702の全長ヒトHLA重鎖(配列番号39)(図7B)、ならびに全長ヒトHLA-C重鎖(配列番号40)(図7C)のアミノ酸配列を提供する。
図5Aの説明を参照のこと。
図5Aの説明を参照のこと。
図6は、リーダー配列、膜貫通ドメイン、及び細胞内ドメインを除いた、11種の成熟MHCクラスI重鎖アミノ酸配列のアラインメントを提供する。配列は、上から順に、配列番号41~51である。
図6-1の説明を参照のこと。
図7A~7Bは、HLA-A重鎖アミノ酸配列(それぞれ、図7A;配列番号52~60)のアラインメント及びコンセンサス配列(図7B:61)を提供する。
図7A-1の説明を参照のこと。
図7A-1の説明を参照のこと。
図8A~8Bは、HLA-B重鎖アミノ酸配列(それぞれ、図8A;配列番号62~68)のアラインメント及びコンセンサス配列(図8B;配列番号69)を提供する。
図8A-1の説明を参照のこと。
図8A-1の説明を参照のこと。
図9A~9Bは、HLA-C重鎖アミノ酸配列(それぞれ、図9A;配列番号70~78)のアラインメント及びコンセンサス配列(図9B;配列番号79)を提供する。
図9A-1の説明を参照のこと。
図9A-1の説明を参照のこと。
図10は、HLA-E、HLA-F、及びHLA-G重鎖のそれぞれについてのコンセンサスアミノ酸配列(それぞれ、配列番号80~82)を提供する。可変アミノ酸(aa)の位置を、連続番号を付した「X」残基として示す。アミノ酸84、139、及び236の位置には二重下線を引いている。
図10-1の説明を参照のこと。
図11は、HLA-A(配列番号83)、HLA-B(配列番号84)、HLA-C(配列番号85)、HLA-E(配列番号86)、HLA-F(配列番号87)、及びHLA-G(配列番号88)のコンセンサスアミノ酸配列のアラインメントを提供する。
図11-1の説明を参照のこと。
図12A~12Dは、本開示の多重ジスルフィド結合TMMPの概略図を提供する。
図12Aの説明を参照のこと。
図12Aの説明を参照のこと。
図12Aの説明を参照のこと。
図13A~13Fは、本開示のTMMPの第1及び第2のポリペプチドの例のアミノ酸配列を提供する。配列は、それぞれ配列番号89~94である。
図13Aの説明を参照のこと。
図13Aの説明を参照のこと。
図13Aの説明を参照のこと。
図13Aの説明を参照のこと。
図13Aの説明を参照のこと。
図14A~14Cは、本開示のTMMPに含まれ得るポリペプチドの例のアミノ酸配列を提供する。配列は、配列番号95~97である。
図14Aの説明を参照のこと。
図14Aの説明を参照のこと。
図15A~15Bは、本開示のTMMPに含まれ得るポリペプチドの例のアミノ酸配列を提供する。配列は、それぞれ配列番号561~562である。
図15Aの説明を参照のこと。
図16A~16Bは、CD8

細胞溶解活性に対する本開示の実施形態によるTMMPの効果を示す。
図16Aの説明を参照のこと。
【発明を実施するための形態】
【0005】
定義
用語「ポリヌクレオチド」及び「核酸」は、本明細書において同じ意味で用いられ、任意の長さを有するヌクレオチドのポリマー形態(リボヌクレオチドまたはデオキシリボヌクレオチドのいずれか)のことを意味する。それゆえ、この用語は、一本鎖、二本鎖、もしくは多本鎖のDNAもしくはRNA、ゲノムDNA、cDNA、DNA-RNAハイブリッド、または、プリン塩基及びピリミジン塩基、もしくは、その他の天然ヌクレオチド塩基、化学的に修飾したヌクレオチド塩基もしくは生化学的に修飾したヌクレオチド塩基、非天然ヌクレオチド塩基、もしくは誘導体化されたヌクレオチド塩基を含むポリマー、を含むがこれらに限定されない。
【0006】
用語「ペプチド」、「ポリペプチド」及び「タンパク質」は、本明細書において同じ意味で用いられ、任意の長さを有するアミノ酸のポリマー形態のことを意味し、コード及び非コードアミノ酸、化学的にもしくは生化学的に修飾もしくは誘導体化されたアミノ酸、及び、修飾ペプチド主鎖を有するポリペプチドを含んでいてもよい。
【0007】
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、別のポリヌクレオチドまたはポリペプチドに対する特定のパーセント「配列同一性」を有し、そのことは、アラインして2つの配列を比較する際に、塩基またはアミノ酸のパーセンテージが同一であり、同一の相対位置にあることを意味する。配列同一性については多数の異なる方法を用いて測定することができる。配列同一性を測定するために、様々な簡便な方法、及び、world wide webにおいて、ncbi.nlm.nili.gov/BLAST、ebi.ac.uk/Tools/msa/tcoffee/、ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/、mafft.cbrc.jp/alignment/software/を含むサイトで利用可能なコンピュータプログラム(例えば、BLAST、T-COFFEE、MUSCLE、MAFFTなど)を使用して配列をアラインしてもよい。例えば、Altschul et al.(1990),J.Mol.Bioi.215:403-10を参照されたい。
【0008】
用語「保存的アミノ酸置換」とは、類似した側鎖を有するアミノ酸残基のタンパク質における互換性のことを意味する。例えば、脂肪族側鎖を有するアミノ酸の基は、グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、及びイソロイシンから構成され、脂肪族ヒドロキシル側鎖を有するアミノ酸の基はセリン及びスレオニンから構成され、アミド含有側鎖を有するアミノ酸の基はアスパラギン及びグルタミンから構成され、芳香族側鎖を有するアミノ酸の基は、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから構成され、塩基性側鎖を有するアミノ酸の基は、リジン、アルギニン、及びヒスチジンから構成され、酸性側鎖を有するアミノ酸の基はグルタミン酸及びアスパラギン酸から構成され、硫黄含有側鎖を有するアミノ酸の基はシステイン及びメチオニンから構成される。例示的な保存的アミノ酸置換基は、バリン-ロイシン-イソロイシン、フェニルアラニン-チロシン、リジン-アルギニン、アラニン-バリン-グリシン、及びアスパラギン-グルタミンである。
【0009】
本明細書で使用する場合、用語「免疫学的シナプス」または「免疫シナプス」とは一般に、適応免疫応答の2つの相互作用する免疫細胞間の自然境界面(例えば、抗原提示細胞(APC)または標的細胞と、エフェクター細胞(例えば、リンパ球)、エフェクターT細胞、ナチュラルキラー細胞などとの間の境界面を含む)のことを意味する。APCとT細胞との間の免疫学的シナプスは通常、例えば、Bromley et al.,Annu Rev Immunol.2001;19:375-96(その開示全体は参照により本明細書に組み込まれる)に記載されているように、T細胞抗原受容体と主要組織適合遺伝子複合体分子との相互作用によって開始される。
【0010】
「T細胞」は、CD3を発現する全ての型の免疫細胞を含み、例えば、ヘルパーT細胞(CD4

細胞)、細胞傷害性T細胞(CD8

細胞)、T制御性細胞(Treg)、及びNK-T細胞を含む。
(【0011】以降は省略されています)

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