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公開番号2025074080
公報種別公開特許公報(A)
公開日2025-05-13
出願番号2025014222,2021549710
出願日2025-01-30,2020-02-26
発明の名称抗体を最適化するための変異体核酸ライブラリ
出願人ツイストバイオサイエンスコーポレーション
代理人弁理士法人清原国際特許事務所
主分類C40B 40/06 20060101AFI20250502BHJP(コンビナトリアル技術)
要約【解決手段】本明細書には、修飾配列を含む抗体をコードする核酸を有する、最適化された抗体のライブラリに関連する方法と組成物が提供される。本明細書に記載のライブラリは、それぞれ少なくとも1つの所定の参照核酸配列の所定の変異体をコードする核酸を含む、多様な(variegated)ライブラリを含む。さらに本明細書には、前記核酸ライブラリの翻訳時に生成されるタンパク質ライブラリが記載される。さらに本明細書には、本明細書に記載の多様な核酸ライブラリを発現する細胞ライブラリが記載される。
【選択図】図1
特許請求の範囲【請求項１】
核酸ライブラリであって、
該核酸ライブラリは、翻訳時に抗体または抗体フラグメントをコードする核酸を含む複数の配列を含み、前記複数の配列はそれぞれ、抗体の入力配列に対してＣＤＲ内に所定数の突然変異を含み、
前記ライブラリは少なくとも５０，０００の変異体配列を含み、各配列は１．５倍の平均頻度内にある量で存在し、
翻訳時に少なくとも１つの配列は、前記入力配列の結合無限よりも少なくとも２．５倍高い結合親和性を持つ抗体または抗体フラグメントをコードする、核酸ライブラリ。
続きを表示（約 680 文字）【請求項２】
前記ライブラリは少なくとも１００，０００の変異体配列を含む、請求項１に記載の核酸ライブラリ。
【請求項３】
前記配列の少なくとも一部は抗体軽鎖をコードする、請求項１に記載の核酸ライブラリ。
【請求項４】
前記配列の少なくとも一部は抗体重鎖をコードする、請求項１に記載の核酸ライブラリ。
【請求項５】
前記複数の配列の各配列は、前記入力配列に対して重鎖または軽鎖のＣＤＲに少なくとも１つの突然変異を含む、請求項１に記載の核酸ライブラリ。
【請求項６】
前記複数の配列の各配列は、入力配列に対して重鎖または軽鎖のＣＤＲに少なくとも２つの突然変異を含む、請求項１に記載の核酸ライブラリ。
【請求項７】
前記突然変異の少なくとも１つは少なくとも２つの個体に存在する、請求項１に記載の核酸ライブラリ。
【請求項８】
前記突然変異の少なくとも１つは少なくとも３つの個体に存在する、請求項１に記載の核酸ライブラリ。
【請求項９】
翻訳時に少なくとも１つの配列は、前記入力配列の結合無限より少なくとも５倍高い結合親和性を持つ抗体または抗体フラグメントをコードする、請求項１に記載の核酸ライブラリ。
【請求項１０】
翻訳時に少なくとも１つの配列は、前記入力配列の結合無限より少なくとも２５倍高い結合親和性を持つ抗体または抗体フラグメントをコードする、請求項１に記載の核酸ライブラリ。
（【請求項１１】以降は省略されています）
発明の詳細な説明【技術分野】
【０００１】
相互参照
本出願は、２０１９年２月２６日出願の米国仮特許出願第６２／８１０，３７９号と２０１９年４月５日出願の米国仮特許出願第６２／８３０，２９６号に基づく利益を主張するものであり、その各々は全体を参照することで本明細書に引用される。
続きを表示（約 3,500 文字）【背景技術】
【０００２】
抗体は、高い特異性と親和性をもって生物標的に結合する能力を持つ。しかし、治療用抗体の設計は、免疫学的作用と効果との釣り合いに起因して困難なものである。そのため、抗体特性を最適化するための組成物と方法を開発する必要がある。
【０００３】
参照による引用
本明細書で言及される刊行物、特許、および特許出願はすべて、あたかも個々の刊行物、特許、または特許出願がそれぞれ参照により引用されるように具体的かつ個々に指示されるのと同じ程度にまで、参照により本明細書に引用される。
【発明の概要】
【０００４】
本明細書には、抗体を最適化するための方法、組成物、およびシステムが提供される。
【０００５】
本明細書には、抗体または抗体フラグメントをコードする複数の核酸を含む核酸ライブラリが提供され、前記複数の配列の各配列は、入力配列に対して所定数の突然変異を含み、前記ライブラリは少なくとも５，０００の変異体配列を含み、前記少なくとも５，０００の変異体配列の各配列は、前記ライブラリ中の他の変異体配列量の５０％以下の量で表され、少なくとも１つの配列は、前記入力配列よりも高い結合親和性を持つ抗体または抗体フラグメントをコードする。本明細書にはさらに、前記ライブラリが少なくとも５０，０００の変異体配列を含む、核酸ライブラリが提供される。本明細書にはさらに、前記ライブラリが少なくとも１００，０００の変異体配列を含む、核酸ライブラリが提供される。本明細書ではさらに、前記配列の少なくとも一部が抗体軽鎖をコードする、核酸ライブラリが提供される。本明細書ではさらに、前記配列の少なくとも一部が抗体重鎖をコードする、核酸ライブラリが提供される。本明細書ではさらに、前記複数の配列の各配列が、前記入力配列に対して重鎖または軽鎖の各ＣＤＲに少なくとも１つの突然変異を含む、核酸ライブラリが提供される。本明細書ではさらに、前記複数の配列の各配列が、前記入力配列に対して重鎖または軽鎖の各ＣＤＲに少なくとも２つの突然変異を含む、核酸ライブラリが提供される。本明細書ではさらに、前記突然変異の少なくとも１つが少なくとも２つの個体に存在する、核酸ライブラリが提供される。本明細書ではさらに、前記突然変異の少なくとも１つが少なくとも３つの個体に存在する、核酸ライブラリが提供される。本明細書ではさらに、前記複数の配列の各配列が、前記入力配列の生殖系列配列に対して重鎖または軽鎖の各ＣＤＲに少なくとも１つの突然変異を含む、核酸ライブラリが提供される。
【０００６】
本明細書には、配列番号１～３５のいずれか１つの配列を含むＣＤＲ－Ｈ３を含む、抗体が提供される。本明細書には、配列番号１～３５のいずれか１つの配列を含むＣＤＲ－Ｈ３を含む、抗体が提供され、前記抗体は、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、二重特異性抗体、多重特異性抗体、グラフト抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、合成抗体、キメラ抗体、ラクダ化抗体、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、一本鎖抗体、Ｆａｂフラグメント、Ｆ（ａｂ’）２フラグメント、Ｆｄフラグメント、Ｆｖフラグメント、単一ドメイン抗体、単離された相補性決定領域（ＣＤＲ）、ダイアボディ（ｄｉａｂｏｄｙ）、単一モノマー可変ドメインのみで構成されるフラグメント、ジスルフィド結合Ｆｖ（ｓｄＦｖ）、イントラボディ（ｉｎｔｒａｂｏｄｙ）、抗イディオタイプ（抗Ｉｄ）抗体、またはそれらのａｂ抗原結合フラグメントである。
【０００７】
本明細書には、ＰＤ－１活性を阻害する方法が提供され、該方法は、本明細書に記載されるような抗体を投与する工程を含む。本明細書には、増殖性障害を処置する方法が提供され、該方法は、本明細書に記載されるような抗体を対象に投与する工程を含む。本明細書ではさらに、前記増殖性障害が癌である、増殖性障害を処置する方法が提供される。本明細書ではさらに、前記癌が、肺癌、頭頸部癌、大腸癌、黒色腫、肝臓癌、古典的ホジキンリンパ腫、腎臓癌、胃癌、子宮頸癌、メルケル細胞、Ｂ細胞リンパ腫、または膀胱癌である、増殖性障害を処置する方法が提供される。
【０００８】
本明細書には、複数の核酸を含む核酸ライブラリが提供され、前記複数の核酸の各核酸は、翻訳時に抗体をコードする配列をコードし、前記抗体は、ＰＤ－１結合ドメインを含むＣＤＲ－Ｈ３ループを含み、前記複数の核酸の各核酸は、前記ＰＤ－１結合ドメインの配列変異体をコードする配列を含む。本明細書にはさらに、翻訳時のＣＤＲ－Ｈ３ループの長さが約２０～約８０のアミノ酸である、核酸ライブラリが提供される。本明細書にはさらに、前記ＣＤＲ－Ｈ３ループの長さが約８０～約２３０の塩基対である、核酸ライブラリが提供される。本明細書にはさらに、前記抗体が、軽鎖（ＶＬ）可変ドメイン、重鎖（ＶＨ）可変ドメイン、軽鎖（ＣＬ）定常ドメイン、および重鎖（ＣＨ）定常ドメインから選択される１つ以上のドメインをさらに含む、核酸ライブラリが提供される。本明細書にはさらに、前記ＶＨドメインの長さが約９０～約１００のアミノ酸である、核酸ライブラリが提供される。本明細書にはさらに、前記ＶＬドメインの長さが約９０～約１２０のアミノ酸である、核酸ライブラリが提供される。本明細書にはさらに、前記ＶＨドメインの長さが約２８０～約３００の塩基対である、核酸ライブラリが提供される。本明細書にはさらに、前記ＶＬドメインの長さが約３００～約３５０の塩基対である、核酸ライブラリが提供される。本明細書にはさらに、前記ライブラリが少なくとも１０
１０
の非同一核酸を含む、核酸ライブラリが提供される。本明細書にはさらに、前記ライブラリが少なくとも１０
１２
の非同一核酸を含む、核酸ライブラリが提供される。本明細書にはさらに、前記抗体が単一の免疫グロブリンドメインを含む、核酸ライブラリが提供される。本明細書にはさらに、前記抗体が多くとも１００のアミノ酸のペプチドを含む、核酸ライブラリが提供される。本明細書ではさらに、前記ＰＤ－１結合ドメインがペプチド模倣物または少分子模倣物である、核酸ライブラリが提供される。
【０００９】
本明細書には複数のタンパク質を含むタンパク質ライブラリが提供され、前記複数のタンパク質の各タンパク質は抗体を含み、前記抗体はＰＤ－１結合ドメインの配列変異体を含むＣＤＲ－Ｈ３ループを含んでいる。本明細書にはさらに、前記ＣＤＲ－Ｈ３ループの長さが約２０～約８０のアミノ酸である、複数のタンパク質を含むタンパク質ライブラリが提供される。本明細書にはさらに、前記抗体が、軽鎖（ＶＬ）可変ドメイン、重鎖（ＶＨ）可変ドメイン、軽鎖（ＣＬ）定常ドメイン、および重鎖（ＣＨ）定常ドメインから選択される１つ以上のドメインをさらに含む、複数のタンパク質を含むタンパク質ライブラリが提供される。本明細書にはさらに、前記ＶＨドメインの長さが約９０～約１００のアミノ酸である、複数のタンパク質を含むタンパク質ライブラリが提供される。本明細書にはさらに、前記ＶＬドメインの長さが約９０～約１２０のアミノ酸である、複数のタンパク質を含むタンパク質ライブラリが提供される。本明細書にはさらに、前記複数のタンパク質がペプチド模倣ライブラリを生成するために使用される、複数のタンパク質を含むタンパク質ライブラリが提供される。本明細書にはさらに、前記ライブラリが抗体を含む、複数のタンパク質を含むタンパク質ライブラリが提供される。
【００１０】
本明細書には複数のタンパク質を含むタンパク質ライブラリが提供され、前記複数のタンパク質は異なるＰＤ－１結合ドメインをコードする配列を含み、各ＰＤ－１結合ドメインの長さは約２０～約８０のアミノ酸である。本明細書にはさらに、前記タンパク質ライブラリがペプチドを含む、複数のタンパク質を含むタンパク質ライブラリが提供される。本明細書にはさらに、前記タンパク質ライブラリが免疫グロブリンを含む、複数のタンパク質を含むタンパク質ライブラリが提供される。本明細書にはさらに、前記タンパク質ライブラリが抗体を含む、複数のタンパク質を含むタンパク質ライブラリが提供される。本明細書にはさらに、前記複数のタンパク質がペプチド模倣ライブラリを生成するために使用される、複数のタンパク質を含むタンパク質ライブラリが提供される。
（【００１１】以降は省略されています）

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